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楼主 Author: janeli1995
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[综合交流] J_from_g03计算电荷转移积分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-16 08:01:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-16 03:20
如果构建F的时候已经隐含地考虑了单体轨道相位,那么这个积分的数值正负号是固定的,也有意义,也许文 ...

还有一个问题,如果想自己写程序解决这个问题的话,就是看MO里面轨道系数,如果负的系数较多就乘以-1让它变成反相的吗?

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发表于 Post on 2016-11-16 08:19:01 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2016-11-16 08:01
还有一个问题,如果想自己写程序解决这个问题的话,就是看MO里面轨道系数,如果负的系数较多就乘以-1让它 ...

不是简单的乘以个-1
如果你知道NBO的话,虽然NBO相位可以不同,见
简谈NBO间的相对相位问题
http://sobereva.com/191
但是靠以NBO为基的Fock算符得到的两个NBO间的E2能量则是确定的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-16 11:01:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-16 08:19
不是简单的乘以个-1
如果你知道NBO的话,虽然NBO相位可以不同,见
简谈NBO间的相对相位问题

好的!非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-19 07:53:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-16 08:19
不是简单的乘以个-1
如果你知道NBO的话,虽然NBO相位可以不同,见
简谈NBO间的相对相位问题

老师您好,看了这个博文 其中说“当发现如果轨道负值区域占主导,那么就给轨道系数都乘上-1来让它反转,使得所有AdNDP轨道都是以正相位为主。” 请问应该如何判断是正值还是负值区域占主导呢?我试了把轨道系数相加看正负,和看正负项哪个多,好像都不对……希望您不吝赐教!

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发表于 Post on 2016-11-19 12:05:14 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2016-11-19 07:53
老师您好,看了这个博文 其中说“当发现如果轨道负值区域占主导,那么就给轨道系数都乘上-1来让它反转, ...


有不同判断方式。比如可以把负值部分取平方加和,也把正值部分取平方加和,然后看哪边大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-20 02:28:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-19 12:05
有不同判断方式。比如可以把负值部分取平方加和,也把正值部分取平方加和,然后看哪边大

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-20 04:54:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-19 12:05
有不同判断方式。比如可以把负值部分取平方加和,也把正值部分取平方加和,然后看哪边大

老师 我还有一个比较低级的问题……用<HOMO | F | HOMO >计算时,如果用dimer的重叠矩阵和轨道系数来计算fock算子:F=SCEC^-1,那么它的维度不是单个分子轨道的两倍吗(比如单个分子的HOMO是N*1那么fock是2N*2N)?请问这样怎么乘?我还没有完全搞懂,还希望老师见谅!

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发表于 Post on 2016-11-20 06:58:19 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2016-11-20 04:54
老师 我还有一个比较低级的问题……用计算时,如果用dimer的重叠矩阵和轨道系数来计算fock算子:F=SCEC^- ...

应该是把单体波函数投影到dimer的基下再乘
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-20 09:12:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-20 06:58
应该是把单体波函数投影到dimer的基下再乘

不好意思老师,我还是不太明白……‘dimer的基’是指什么呀?它为什么和单体维度一致呢?因为我记得投影要做内积,也是要求维度一致的……麻烦老师了,谢谢!!

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发表于 Post on 2016-11-20 16:38:25 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2016-11-20 09:12
不好意思老师,我还是不太明白……‘dimer的基’是指什么呀?它为什么和单体维度一致呢?因为我记得投影 ...

就是dimer的基函数
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发表于 Post on 2016-11-22 08:03:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wswrpd 于 2016-11-22 10:25 编辑

我看了你说的文章,感觉基本是应该理解了。
推荐你看这一篇文章
Modeling the Bacterial Photosynthetic Reaction Center 3: Interpretation of Effects of Site-Directed Mutagenesis on the Special-Pair Midpoint Potential†
Biochemistry 2000, 39, 16185-16189
里面的(2)式是抽象F operator(或者叫做F matrix)的表示。   
注意你提供的文章的(2)式子,phi_i^0和phi_j^0作用在我说的(2)式F里,正好得到的是coupling J,这就是两个分子之间的coupling

而实际进行计算时候用的是真正的F operator
当然用这个计算<phi_i^0|F|phi_i^0> 就是我提供文章里给出的E_L或者E_M了
如果有问题欢迎继续讨论

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发表于 Post on 2016-11-22 10:23:52 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2016-11-20 09:12
不好意思老师,我还是不太明白……‘dimer的基’是指什么呀?它为什么和单体维度一致呢?因为我记得投影 ...

补充一下,所以你要算的是,固定两个分子之间的相对位置。
分别计算每一个分子单独存在时的波函数。我把他们称为phi_1和phi_2

然后你要做的就是计算这一个积分<phi_1|F|phi_2>这里的F就是我上面回帖里面的那个公式(不是参考文章里面的那个矩阵)

最后计算得到的结果当然有正有负,因为这个结果是有“相位”的,如果你要加入外加磁场说不定这个coupling 还会是复数呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-12 02:15:16 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-11-22 10:23
补充一下,所以你要算的是,固定两个分子之间的相对位置。
分别计算每一个分子单独存在时的波函数。我把 ...

谢谢您!我懂了~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-12 02:16:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-20 16:38
就是dimer的基函数

谢谢老师!我找到一篇文章,Kirkpatrick, J. (2008). An approximate method for calculating transfer integrals based on the ZINDO Hamiltonian. International Journal of Quantum Chemistry, 108(1), 51–56. http://doi.org/10.1002/qua.21378 是把dimer投影到一个monomer构成的矩阵之后计算的,我已经按照这个方法算出结果了,谢谢您~

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发表于 Post on 2016-12-13 05:43:54 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-11-22 08:03
我看了你说的文章,感觉基本是应该理解了。
推荐你看这一篇文章
Modeling the Bacterial Photosynthetic ...

就是Fock算符和Fock矩阵吧,为啥要省三个字母,不常见呢。

本版积分规则 Credits rule

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