如何使用avogadro+ORCA构建O-O单键模型？

chenkaiL · 发表于 Post on 2024-4-11 15:35:08

尝试过用avogadro构建O-O单键，但是使用orca优化后会优化为O-O双键

之后听说是通过改变自旋多重度来得到单键模型，也尝试过2，4，6的inp计算，算完后报错

求助有什么方法，可以得到O-O单键模型？

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2024-4-11 15:51:08

软件里显示的键的类型只是根据原子的距离判断的，不代表那真的就两根键，可以通过键级分析来判断成键情况。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-11 16:17:13

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-11 16:20 编辑

（1）不管做什么计算，不要根据肉眼判定键级，也不要将可视化软件给你画的连接关系当做键级，而是要根据波函数分析来。仔细阅读《谈谈原子间是否成键的判断问题》http://sobereva.com/414
（2）不要乱改电荷和自旋多重度，你需要想明白（即回答自己、回答你导师）：你想算什么样的O2？基态O2？还是哪一个激发态的O2？
（3）要说清楚具体什么叫“得到O-O单键模型”？如果只是自娱自乐，那压根不用做计算，直接点鼠标改显示的连接关系，你想要什么键就什么键（但这显然没有意义）。所以得说清楚想算什么体系，研究什么问题。

chenkaiL · 发表于 Post on 2024-4-11 16:33:36

zjxitcc 发表于 2024-4-11 16:17
（1）不管做什么计算，不要根据肉眼判定键级，也不要将可视化软件给你画的连接关系当做键级，而是要根据波 ...

1.您好，我后续通过Multiwfn分析molden文件查看结果Mayer键级为1.7977，键长为1.209008Angstrom，对比发现确实为OO双键。
2.我所计算的体系：
O2（单线态氧）+NO→NO2
O2（超氧负离子自由基）+NO→NO2
想要计算这两个体系的自由能垒

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-11 17:02:00

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-11 17:03 编辑

提醒一下，用闭壳层单重态算孤立气相O2是完全错误的，算出来不是T0/S1/S2任何一个电子态，对其结果进行分析也没有意义（不管分析得天花乱坠）。

chenkaiL · 发表于 Post on 2024-4-11 17:17:39

zjxitcc 发表于 2024-4-11 17:02
提醒一下，用闭壳层单重态算孤立气相O2是完全错误的，算出来不是T0/S1/S2任何一个电子态，对其结果进行分析 ...

感谢老师的指导，那么我构建单线态氧具体要怎么做呢？

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-11 17:26:35

chenkaiL 发表于 2024-4-11 17:17
感谢老师的指导，那么我构建单线态氧具体要怎么做呢？

“单线态氧”用语模糊，因为S1态O2，S2态O2，S3态O2等等都是单线态O2。还有，氧气不要说成氧，有可能被人误以为是氧原子。

如果你要算最低单线态O2，就用对称破缺UDFT算单点，检验波函数稳定性，读取波函数做结构优化。建议阅读
《用Gaussian做UHF计算》，《谈谈Gaussian软件中的guess=mix》，《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82

dnlx · 发表于 Post on 2024-4-12 03:09:34

本帖最后由 dnlx 于 2024-4-13 05:30 编辑

两端用氢饱和。

=================
上面是在开玩笑，但是你的问题或许很有意义。多个氧原子可以类比于多个CH2的情况：链状的四个CH2可以形成双自由基，三个CH2虽然可以得到双自由基的波函数，但是优化后的稳定状态只能是环丙烷（量化基础班的例子），而两个CH2因为两端原子直接相连，双自由基估计连波函数都无法得到。

类比氧的情况，O3可以得到双自由基的臭氧，O2估计无法取得两个单电子自旋方向相反的双自由基。

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