用碳酸钠夺炔铜上的氢过渡态中断后无法续交，续交后服务器不给算，是什么原因

ZJ220811014 · 发表于 Post on 2024-4-12 21:13:51

本帖最后由 ZJ220811014 于 2024-4-13 09:38 编辑

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Title Card Required

0 2
Cu             -0.30539435 1.88053569 -0.23203618
C                4.53379141 0.24847159 0.92335898
C                3.16968310 0.39624475 0.72528134
C                2.48686029 -0.48082326 -0.13728380
C                3.19693710 -1.48906440 -0.80598359
C                4.55933779 -1.64771597 -0.59547049
C                5.20405338 -0.77568062 0.26947311
H                5.09034300 0.91816787 1.57518489
H                2.59477605 1.20834334 1.17486749
H                2.66913058 -2.15177237 -1.49015314
H                5.13202545 -2.42582067 -1.09471268
C                1.08262813 -0.31614447 -0.30502105
C                -0.14010131 -0.13149553 -0.39483027
H                -1.80381800 -0.15962700 -0.53680000
F                -1.72451675 2.07594579 -1.25152286
F                0.96772454 2.37612146 0.91365545
F                6.51778513 -0.92459338 0.47060969
C                -3.73464100 -0.66220900 0.02530900
O                -4.14533500 -1.81022000 0.45881500
O                -4.33048200 0.41038700 0.24778000
O                -2.63990600 -0.74194500 -0.74332300
Na             -5.83929900 -0.68930400 1.37533100
Na             -2.33640600 -3.00721300 -0.51990400

C H F O 0
6-31g*
****
Cu Na 0
lanl2dz
****

Cu Na 0
lanl2dz

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-13 06:09:30

“不给算” 什么鬼
认真看下文，重新描述问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

dnlx · 发表于 Post on 2024-4-13 06:10:36

模拟的结构和条件不合理，改正之前不要继续了。

你摆的结构，碳酸钠作为孤立分子，说明是气相，这样一来右面有机分子早分解了。

如果反应是溶液相，那么模型就不应该包括钠离子，而且关键词应该加上溶剂模型。

而且你的反应方程式到底是什么，质子化的炔结构要把氢离子转移到碳酸根上？这个反应很可能没过渡态。

ZJ220811014 · 发表于 Post on 2024-4-13 09:34:36

dnlx 发表于 2024-4-13 06:10
模拟的结构和条件不合理，改正之前不要继续了。

你摆的结构，碳酸钠作为孤立分子，说明是气相，这样一来 ...

谢谢老师的回复，我的意思是该过渡态无端中断，续交后无法继续计算。我的反应是炔和CuF2,Na2CO3反应生成炔铜和碳酸氢钠，在方程式中产物应该还有一份钠离子，但又觉得该结构不对，不知道如何解释这块（方程式已附上图片）。
其次，我目前是在气相下优化的，优化了36个点后中断的。

dnlx · 发表于 Post on 2024-4-13 10:02:10

ZJ220811014 发表于 2024-4-13 09:34
谢谢老师的回复，我的意思是该过渡态无端中断，续交后无法继续计算。我的反应是炔和CuF2,Na2CO3反应生成 ...

懂了你的反应了，你要模拟的是炔去掉一个氢离子并且去络合铜离子，形成炔铜结构。用量子化学来模拟化学反应的时候，不应该把反应物一股脑放到一起，而是应该了解那些分子或离子介入了哪个基元反应，然后模拟关键的基元反应。这个反应是溶液相的，所以必须加溶剂模型，而且不应该考虑钠离子。过渡态有可能是像你摆的那样，炔的pi电子去填充铜的空轨道，同时氢向另一个阴离子电离。但是在铜离子和碳酸根离子旁边有可能需要各添加一个额外的水分子。

我不知道程序中断的问题。

ZJ220811014 · 发表于 Post on 2024-4-13 10:10:49

dnlx 发表于 2024-4-13 10:02
懂了你的反应了，你要模拟的是炔去掉一个氢离子并且去络合铜离子，形成炔铜结构。用量子化学来模拟化学反 ...

好的，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-13 16:34:22

ZJ220811014 发表于 2024-4-13 02:34
谢谢老师的回复，我的意思是该过渡态无端中断，续交后无法继续计算。我的反应是炔和CuF2,Na2CO3反应生成 ...

要解决“服务器不给算”的问题，必须上传你的完整的输出文件，以及完整的stderr输出

sai77 · 发表于 Post on 2024-4-16 08:44:13

本帖最后由 sai77 于 2024-4-16 08:47 编辑

ZJ220811014 发表于 2024-4-13 09:34
谢谢老师的回复，我的意思是该过渡态无端中断，续交后无法继续计算。我的反应是炔和CuF2,Na2CO3反应生成 ...

可以参考下这个过渡态的结构，跟你要算的过程非常类似
doi 10.1038/s41557-022-00954-9，SI第123页

ZJ220811014 · 发表于 Post on 2024-5-9 16:40:46

sai77 发表于 2024-4-16 08:44
可以参考下这个过渡态的结构，跟你要算的过程非常类似
doi 10.1038/s41557-022-00954-9，SI第123页

好的，谢谢

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