如何保证分子体系在过渡态搜索后的构型合理？

panMD · 发表于 Post on 2024-4-14 13:23:45

图1，2，3均为初始摆放的构型（一个染料分子的蒽环中间，穿过一个CO2分子），想考察CO2分子在该位置处的过渡态构型。
但是不论是先PM7，还是直接B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP，最终的构型都会导致染料分子的二面角等出现很大的变化，这种变化是不合理的，同时会和二氧化碳分子成键不合理，如图4
因此，针对上述问题，学生很困惑该如何解决，是否需要按照sob老师的固定二面角方式，如图5（我需要把蒽环和芳环都固定吗），或者还有没有其他办法？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-14 15:57:32

首先，你为什么认为CO2能穿过这个六元环？这个假设本身就不合理

panMD · 发表于 Post on 2024-4-14 18:21:51

wzkchem5 发表于 2024-4-14 15:57
首先，你为什么认为CO2能穿过这个六元环？这个假设本身就不合理

起初我也没想过将CO2分子摆放在该位置，但是我的老师想考察分子是否可以从一边到另一边，于是就让去尝试。感谢老师的回复，我去查一下。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-14 20:57:21

panMD 发表于 2024-4-14 11:21
起初我也没想过将CO2分子摆放在该位置，但是我的老师想考察分子是否可以从一边到另一边，于是就让去尝试 ...

查一下有没有文献证明二氧化碳无法透过石墨，用这个来证明二氧化碳不可能穿过碳原子组成的六元环，就行了

panMD · 发表于 Post on 2024-4-14 21:37:11

wzkchem5 发表于 2024-4-14 20:57
查一下有没有文献证明二氧化碳无法透过石墨，用这个来证明二氧化碳不可能穿过碳原子组成的六元环，就行了

好的，感谢老师

dnlx · 发表于 Post on 2024-4-14 23:42:15

文献早有报导是氢离子可以穿过石墨烯，氘离子就很难了。从六边形的边长和对角线长度、键长和范德华半径这些概念来考虑，也能判断二氧化碳分子穿过六元碳环是异想天开。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-15 04:37:24

CO2穿过18碳环那样的大环还差不多，看下文。穿过六元环就别想了。哪怕H+穿过去也需要超级大的初速度
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）

panMD · 发表于 Post on 2024-4-15 12:33:29

sobereva 发表于 2024-4-15 04:37
CO2穿过18碳环那样的大环还差不多，看下文。穿过六元环就别想了。哪怕H+穿过去也需要超级大的初速度
全面 ...

好的老师，我去认真看一下

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 如何保证分子体系在过渡态搜索后的构型合理？