模拟蛋白质与生物膜磷脂结合，磷脂层出现异常横线

dcfwan

各位老师同学好，想问大家一下，我在进行模拟蛋白质与生物膜磷脂结合的时候，体系磷脂层出现异常的横线。这种问题是什么导致的呢？ 有什么解决的办法吗

dcfwan

dcfwan

minimization

1. define                  = -DPOSRES -DPOSRES_FC_BB=4000.0 -DPOSRES_FC_SC=2000.0 -DPOSRES_FC_LIPID=1000.0 -DDIHRES -DDIHRES_FC=1000.0
   
2. integrator              = steep
   
3. emtol                   = 1000.0
   
4. nsteps                  = 5000
   
5. nstlist                 = 10
   
6. cutoff-scheme           = Verlet
   
7. rlist                   = 1.2
   
8. vdwtype                 = Cut-off
   
9. vdw-modifier            = Force-switch
   
10. rvdw_switch             = 1.0
    
11. rvdw                    = 1.2
    
12. coulombtype             = PME
    
13. rcoulomb                = 1.2
    
14. ;
    
15. constraints             = h-bonds
    
16. constraint_algorithm    = LINCS

复制代码

Equilibration

1. define                  = -DPOSRES -DPOSRES_FC_BB=1000.0 -DPOSRES_FC_SC=500.0 -DPOSRES_FC_LIPID=400.0 -DDIHRES -DDIHRES_FC=200.0
   
2. integrator              = md
   
3. dt                      = 0.002
   
4. nsteps                  = 2500000
   
5. nstxtcout               = 500000
   
6. nstvout                 = 500000
   
7. nstfout                 = 500000
   
8. nstcalcenergy           = 100
   
9. nstenergy               = 100000
   
10. nstlog                  = 100000
    
11. ;
    
12. cutoff-scheme           = Verlet
    
13. nstlist                 = 20
    
14. rlist                   = 1.2
    
15. vdwtype                 = Cut-off
    
16. vdw-modifier            = Force-switch
    
17. rvdw_switch             = 1.0
    
18. rvdw                    = 1.2
    
19. coulombtype             = PME
    
20. rcoulomb                = 1.2
    
21. ;
    
22. tcoupl                  = V-rescale
    
23. tc_grps                 = SOLU MEMB SOLV
    
24. tau_t                   = 1.0 1.0 1.0
    
25. ref_t                   = 310.15 310.15 310.15
    
26. ;
    
27. pcoupl                  = C-rescale
    
28. pcoupltype              = semiisotropic
    
29. tau_p                   = 5.0
    
30. compressibility         = 4.5e-5  4.5e-5
    
31. ref_p                   = 1.0     1.0
    
32. refcoord_scaling        = com
    
33. ;
    
34. constraints             = h-bonds
    
35. constraint_algorithm    = LINCS
    
36. continuation            = yes
    
37. ;
    
38. nstcomm                 = 100
    
39. comm_mode               = linear
    
40. comm_grps               = SOLU_MEMB SOLV

复制代码

MD

1. integrator              = md
   
2. dt                      = 0.002
   
3. nsteps                  = 500000000
   
4. nstxout-compressed      = 500000
   
5. nstxout                 = 50000000
   
6. nstvout                 = 50000000
   
7. nstfout                 = 50000000
   
8. nstcalcenergy           = 100
   
9. nstenergy               = 100000
   
10. nstlog                  = 100000
    
11. ;
    
12. cutoff-scheme           = Verlet
    
13. nstlist                 = 20
    
14. rlist                   = 1.2
    
15. vdwtype                 = Cut-off
    
16. vdw-modifier            = Force-switch
    
17. rvdw_switch             = 1.0
    
18. rvdw                    = 1.2
    
19. coulombtype             = PME
    
20. rcoulomb                = 1.2
    
21. ;
    
22. tcoupl                  = V-rescale
    
23. tc_grps                 = SOLU MEMB SOLV
    
24. tau_t                   = 1.0 1.0 1.0
    
25. ref_t                   = 310.15 310.15 310.15
    
26. ;
    
27. pcoupl                  = Parrinello-Rahman
    
28. pcoupltype              = semiisotropic
    
29. tau_p                   = 5.0
    
30. compressibility         = 4.5e-5  4.5e-5
    
31. ref_p                   = 1.0     1.0
    
32. ;
    
33. constraints             = h-bonds
    
34. constraint_algorithm    = LINCS
    
35. continuation            = no ;;yes
    
36. ;
    
37. nstcomm                 = 100
    
38. comm_mode               = linear
    
39. comm_grps               = SOLU_MEMB SOLV
    
40. ;
    
41. refcoord_scaling        = com
    
42. gen-vel                 = yes
    
43. gen-temp                = 310.15

复制代码

喵星大佬

你不修复跨周期性边界条件的分子嘛？

sobereva

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。别连续盖楼，下次再发现禁言处理

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

dcfwan

喵星大佬 发表于 2024-4-15 16:00
你不修复跨周期性边界条件的分子嘛？

谢谢回复。我是新手，不是很了解这一步，能问下具体的操作步骤吗

dcfwan

sobereva 发表于 2024-4-16 03:40
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

谢谢sob老师，我去试试看。 下次会注意的