如何用raspa计算吸附密度，并做成图片

chenchem

如何用raspa计算吸附密度，并做成图片
我做出的图只有分子筛最中间的部分有吸附密度，并且分子筛骨架原子不能链键，不然会有报错，图片地址：
用FER分子筛吸附分离乙烯乙烷，raspa输入为：
FrameworkName FER
RemoveAtomNumberCodeFromLabel yes
UnitCells 2 2 4
ExternalTemperature 298
ExternalPressure 1e5

ComputeDensityProfile3DVTKGrid  yes
WriteDensityProfile3DVTKGridEvery  10
DensityProfile3DVTKGridPoints 150 150 150
AverageDensityOverUniteCellsVTK  yes
DensityAveragingTypeVTK UniteCell


Component 0 MoleculeName                   ethane
            MoleculeDefinition             TraPPE
            BlockPockets                   yes
            BlockPocketsFilename           FER
            SwapProbability                1.0
            RotationProbability            1.0
            TranslationProbability         1.0
            ReinsertionProbability         1.0
            CreateNumberOfMolecules        21

期望能获得大家的帮助！！！

yuzc

你的输入文件问题很大，已经不是手册推荐的方法了。
直接按照RASPA官方手册的例子进行设置，输出的vtk文件丢到iRASPA里进行绘图。
原子设置成VDW + 添加花样，可以得到较为好看的图片。

chenchem

yuzc 发表于 2024-6-19 13:25
你的输入文件问题很大，已经不是手册推荐的方法了。
直接按照RASPA官方手册的例子进行设置，输出的vtk文件 ...

谢谢！我学习了iraspa的使用办法，做出了更好的图片：https://i.afbcs.cn/frqfjk
您看看这样对了吗

xuzehui

前辈你好，我也在做这个密度分布的.vtk输出文件，请问你现在这个输入文件做成功了吗，可以分享给我看看吗？谢谢前辈

lyricalboy

yuzc 发表于 2024-6-19 13:25
你的输入文件问题很大，已经不是手册推荐的方法了。
直接按照RASPA官方手册的例子进行设置，输出的vtk文件 ...

能麻烦您教教我如何使用iraspa打开vtk文件并绘制密度分布图吗？
我的iraspa无法打开vtk，显示 “Import failed, Cannot read VTK header (line: 948 file: iraspagui\mainwindow.cpp)”

使用iraspa是否需要安装什么前置软件才能打开啊。
期待您的回复

yuzc

lyricalboy 发表于 2025-11-28 19:42
能麻烦您教教我如何使用iraspa打开vtk文件并绘制密度分布图吗？
我的iraspa无法打开vtk，显示 “Import  ...

需要更新至最新版的RASPA，并按手册中的关键词产生VTK文件。
如果您用的是example里的例子自带的关键词，那是不可以的，是旧版的。