gmx如何固定fe基面在跑md时不散乱，我尝试用位置限制但跑完nvt铁面的原子都松散。

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-4-22 09:48:37

dzdhp 发表于 2024-4-19 09:58
你这不还是老问题吗，说了要先index再限制，你限制的时候没带上index文件吧，所以限制完了posre里头还只 ...

我建组后限制了fe组，但是会报错，因为我的itp里面只有1个铁原子，然后的话是不是这样就要把itp里面也要写完所有的铁原子呢，但是按道理说我itp和位置限制文件都是一个铁原子，并且所有的铁都是一样的应该没问题呀，可是就是限制不了。

然后因为铁原子太多，还没有找到能一下写入itp的方法，求教一下。

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-4-22 09:50:16

Seyilaxa 发表于 2024-4-19 14:05
看起来似乎没什么问题，有观察过轨迹看看跑散是怎么发生的吗

轨迹只要3帧，然后第二帧我看就乱了，但我的设置按道理轨迹应该有25帧的，好奇怪啊，就是找不到问题在哪

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-4-22 09:52:51

sobereva 发表于 2024-4-20 07:48
当然位置限制只需要写1个原子，因为你当前19200个Fe共享同一个只包含一个Fe的[moleculetype]
搞清楚字段 ...

老师，这样的话，我之前就是位置限制只写了一个，但是他就是一直会散，而且轨迹文件按设置应该有25帧，但现在只要3帧。就是不清楚问题到底在哪。

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