gmx模拟离子浓度梯度扩散相关问题

wangs · 发表于 Post on 2024-4-19 20:09:13

各位老师好，我想要模拟离子在浓度梯度驱动下的扩散，下面是我的模拟体系，中间为蒙脱土片层，两侧分别为0.5mol以及0.01mol的NACL溶液，想要统计离子从高浓度一侧扩散到低浓度一侧的数量，想问下各位老师，怎么防止离子全部集中到某一侧，保证离子从高浓度一侧，经过蒙脱土纳米片，到达低浓度一侧呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-20 08:59:25

如果你是指担心高浓度NaCl跨盒子跑到右侧，用wall或石墨烯板挡住

wangs · 发表于 Post on 2024-4-20 09:06:55

sobereva 发表于 2024-4-20 08:59
如果你是指担心高浓度NaCl跨盒子跑到右侧，用wall或石墨烯板挡住

多谢老师解答，是的老师，我是担心这个问题，如果用石墨烯板的话，z方向两侧是不是需要加真空区

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-20 09:10:25

wangs 发表于 2024-4-20 09:06
多谢老师解答，是的老师，我是担心这个问题，如果用石墨烯板的话，z方向两侧是不是需要加真空区

是

wangs · 发表于 Post on 2024-4-25 14:17:01

本帖最后由 wangs 于 2024-4-25 21:49 编辑

sobereva 发表于 2024-4-20 09:10
是

再次打扰一下老师，根据老师上面的解答，我对于上述体系进行了pbc=xyz下的10nsNPT平衡，随后结合pbc=xy，加上wall，300k下在NVT下，想要统计离子从高浓度一侧跨过蒙脱土到低浓度一侧的数量，但是离子运动速度太慢了，模拟32ns后离子并没有进入蒙脱土片层内，并且最终报错，

下面是崩溃前的最后一帧

，
并且也尝试过加石墨烯板，但是由于石墨烯是用GAFF力场，蒙脱土用clayff力场，两个不兼容，模拟总是报错，老师是否可以把石墨烯换成蒙脱土片，并将其原子电荷设置为0，用于阻挡离子，此方法是否合理，我已经尝试这样做，并且没有报错

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