使用gmxMMPBSA时提示某个原子在拓扑文件中找不到

YuniJ

如题所示，计算蛋白质和配体的结合自由能时，拓扑文件有6719个原子，但是在gmx_MMPBSA运行到Building Normal Complex Amber topology...时候，提示The atom 6719 in the complex index is not found in the topology file. Please check that the files are consistent.，查看程序识别的拓扑文件时<GromacsTopologyFile 6718 atoms; 337 residues; 6754 bonds; parameterized>只有6718个原子，所以第6719个找不到，已经困扰了两周，请各位大神指教

M202275399

其实没太看懂你想问啥哈，我个人认为是不是得看看你的index文件或者本身输入文件是不是错了，你这不是也知道你的文件只有6718个原子那问什么要找第6719个呢？如果说你以为应该识别到第6719个，那就得去看你具体的文件了

UPL_JUN

记录一下2025.06这个问题在1.6.4版本gmxMMPBSA上还是存在：有一种原因会导致The atom **** in the complex index is not found in the topology file. Please check that the files are consistent. gmxMMPBSA在识别NA、CL的时候应该是有问题的（所以报错的这个原子应该就是离子）。（这个问题在.top文件中蛋白质和配体没有放在SOL和离子前面时会出现）解决方法是让gmx重新生成不带水和离子的tpr（先在.top文件中删除），然后从原始.xtc中导出仅含配体-受体的.xtc，生成一份.gro再导出.ndx；gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md_0_100_IE.tpr -ct md_0_100_IE.xtc -ci IE_index.ndx -cg 1 13 -cp topol.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv；

jackshoulder

UPL_JUN 发表于 2025-5-28 11:30
记录一下2025.06这个问题在1.6.4版本gmxMMPBSA上还是存在：有一种原因会导致The atom **** in the complex  ...

建议你阅读一下此条帖子http://bbs.keinsci.com/thread-53483-1-1.html
你可以按照帖子里边写的方法进行，基本上就不会报错了