关于 NMR refinement

舍命为江山 · 发表于 Post on 2014-12-14 16:52:46

在amber的NAB模块以及其他一些地方都看到有 NMR refinement 之类的东西
没接触过，不清楚是什么东西，搜了下资料也感觉很少，有的也还是不了解
不知道有没有熟悉的人和做过的人讲解下

按照字面上个人的理解不知道是不是得到NMR数据以后再利用软件的 NMR refinement 来对结构进行优化？？？

谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2014-12-14 18:14:23

动力学模拟中，NMR refinement就是指给原子间距离加上限制势。这可以有不同的用处，一个重要用处就是帮助NMR方法确定实际分子结构。基于NOE效应，NMR能够给出生物大分子的氢原子间的距离，但是这还不足以确定出分子结构，所以可以初猜一个结构，在模拟过程中对原子间距离根据NMR测定结果进行相应的限制，再经过动力学，就可以得出实际构型。

夏夜晚风 · 发表于 Post on 2015-1-24 22:21:58

sobereva 发表于 2014-12-14 18:14
动力学模拟中，NMR refinement就是指给原子间距离加上限制势。这可以有不同的用处，一个重要用处就是帮助NM ...

那意思是NMR不能测出准确的结构了？那PDB数据库中好多的NMR方法得到的结构，也是经过NMR refine过的啊？

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-24 22:40:06

夏夜晚风发表于 2015-1-24 22:21
那意思是NMR不能测出准确的结构了？那PDB数据库中好多的NMR方法得到的结构，也是经过NMR refine过的啊？

NMR不像晶体衍射那样直接就得到坐标了。NMR只是测定出原子间距离关系，转化成实际结构还要经过一些处理。建议你看看这两个文档

夏夜晚风 · 发表于 Post on 2015-1-24 22:58:30

sobereva 发表于 2015-1-24 22:40
NMR不像晶体衍射那样直接就得到坐标了。NMR只是测定出原子间距离关系，转化成实际结构还要经过一些处理。 ...

好的，谢谢sob！

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[综合交流] 关于 NMR refinement