VMD脚本用于分析CP2K AIMD轨迹文件中分子种类和数量

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该脚本通过VMD对CP2K AIMD产生的轨迹文件进行统计分析，遍历轨迹文件并记录随时间变化的不同产物数量，以探究相关反应机理和路径。

本脚本参考了sob老师在CP2K培训班中第一性原理分子动力学部分的实例2：高温下烷烃裂解的模拟的产物各类片段数目的变化分析脚本MD\decane_pyrolysis\product_time.tcl，并做了相应修改。为了优化内存占用，结合了bigdcd脚本(ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/scripts/bigdcd/bigdcd.tcl)，以防止统计大量帧数时内存占用过高的问题。

使用方法：

• 打开VMD，但不要不要不要加载轨迹文件。
• 点击菜单中的Extensions -> Tk Console。
• 在打开的VMD TkConsole窗口中点击File -> Load File，加载脚本。在加载脚本前，需要根据自己的需求进行一些修改。
  

需要修改的内容：

• 第130行：设定 pbc_parameters，以符合你的系统设置。
• 第132行：设定 timestep，表示加载的轨迹文件中每一帧的时间步长。
• 第134-135行：设定要分析的起始帧和终止帧。
• 第137-138行：设定文件路径。
• 第17-45行：用来设定要分析的分子。根据自己的需求修改这部分内容。脚本中内容是我用来分析C2H5OH高温裂解的C2H2,C2H4,C2H6分子数量的，里面个人觉得写的蛮清晰的，所以这部分需要你自己来编译成你想分析的分子，不算特别难。
  

内存占用情况：

• 下图是未结合bigdcd脚本的内存占用，我只分析了500帧，内存已经顶到了18GB，所以我就没有继续跑，之前测试我的32GB内存电脑大概跑个1500帧左右就炸了（当然了，应该跟你分析的系统大小有关）：
  
  

• 下图是结合了bigdcd脚本的内存占用，该例我分析了2000帧，可以看到内存只占用了500MB左右，继续算也基本不会有太大变化，分析个几万帧应该没啥压力：
  
  

补充：

• 若分析的帧数过多，或者分析的帧数并不是从第一帧开始（比如分析的是5000帧到10000帧；换句话说就是脚本中的startframe并不是0），那么开始运行脚本时可能会卡顿一会儿才正式开始运行，因为那时脚本是正在加载轨迹文件，所以不要乱动。
• 刚出炉的原数据曲线可能会非常凌乱，因为模拟体系较小，分子数目波动过于剧烈，所以需要手动后续用Origin进行平滑处理：Analysis -> Signal processing -> Smooth，Points of Windows按需设定。附一张示例图如下：
  
  

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