单斜盒子NPT模拟出现温度异常突变

wjybit · 发表于 Post on 2024-5-3 13:59:06

大佬们，我最近最NPT模拟单斜晶胞的NPT分子动力学模拟，第二步温度直接飙升到了4000K，是因为必须使用正交盒子吗，还是我的inp文件有问题啊，感谢大佬解答，之前用相同的设置跑正交盒子就没有遇到问题。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-3 20:13:36

跟单斜没必然关系
这么小晶胞做MD根本没意义，会等效施加严重的虚假的周期性约束

wjybit · 发表于 Post on 2024-5-4 16:57:37

sobereva 发表于 2024-5-3 20:13
跟单斜没必然关系
这么小晶胞做MD根本没意义，会等效施加严重的虚假的周期性约束

sob老师，我这个已经扩胞3x3x3了啊，500多个原子了，还是小吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-4 17:32:10

wjybit 发表于 2024-5-4 16:57
sob老师，我这个已经扩胞3x3x3了啊，500多个原子了，还是小吗

我没注意到MULTIPLE_UNIT_CELL 3 3 3，当前可以

尝试先用NVT跑，或者改用DFT跑。

wjybit · 发表于 Post on 2024-5-4 18:01:40

sobereva 发表于 2024-5-4 17:32
我没注意到MULTIPLE_UNIT_CELL 3 3 3，当前可以

尝试先用NVT跑，或者改用DFT跑。

好的sob老师

wjybit · 发表于 Post on 2024-5-4 20:05:26

本帖最后由 wjybit 于 2024-5-4 20:25 编辑

sobereva 发表于 2024-5-4 17:32
我没注意到MULTIPLE_UNIT_CELL 3 3 3，当前可以

尝试先用NVT跑，或者改用DFT跑。

sob老师，我如果把使用multiwfn对这个单斜晶胞进行晶胞变换，就是a和b之间的变换，就会导致NPT模拟的温度突变，是multiwfn无法对单斜晶胞坐标轴交换吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-5 23:43:15

wjybit 发表于 2024-5-4 20:05
sob老师，我如果把使用multiwfn对这个单斜晶胞进行晶胞变换，就是a和b之间的变换，就会导致NPT模拟的温度 ...

那个功能目前仅限正交晶胞。
变换完了是否合理，直接在Multiwfn图形窗口里一看便知。如果还搞不清楚，基于当前晶胞进行扩胞，看晶胞接壤处是否合理便知。

1285050231 · 发表于 Post on 2024-9-19 14:55:47

wjybit 发表于 2024-5-4 18:01
好的sob老师

同学，你这个最后搞定了吗？我也是NPT出现了和你类似的情况，第二步开始就飙升到6000-7000K。换了poisson solver也是一样的问题，没法搞定。还是说这种情况只能跑NVT了？

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