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[波函数分析求助] 对周期性体系进行IGM分析时的边界问题

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各位老师好,我在进行准分子IGM分析时遇到了一个问题,由于我的优化后的单胞内没有完整的分子,因此在进行IGM分析前我构建了超胞进行分析,但是由于原本的单胞在边界上不完整,导致进行IGM分析时边界出现了类似氢键一样的等值面,我想请教一下如何解决边界上的这个问题,是在进行片段选取的时候不选择那些不完整的分子吗

202405051208572213..png (673.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

IGM等值面图

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发表于 Post on 2024-5-5 13:43:37 | 只看该作者 Only view this author
根本没必要构造超胞,直接效仿下文,让Multiwfn基于原胞自动抠出个团簇就完了
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-5 15:18:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-5 13:43
根本没必要构造超胞,直接效仿下文,让Multiwfn基于原胞自动抠出个团簇就完了
使用Multiwfn做IGMH分析非常 ...

sobereva老师,您好,我看到您给的例子有些是直接使用周期性输出文件直接进行弱相互作用作用分析,有些是抠出团簇进行分析,请问这两者区别大吗,抠出团簇的话会丢失周期性计算的一些东西吗

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发表于 Post on 2024-5-5 23:54:26 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-5 15:18
sobereva老师,您好,我看到您给的例子有些是直接使用周期性输出文件直接进行弱相互作用作用分析,有些是 ...

看具体体系,没法一概而论
有的体系本来就不适合抠成簇模型,而有的体系,诸如尿素晶体,抠成簇模型考察起来可能还更方便
簇模型只要足够大、边界考虑得合理,就不会因为忽略周期性造成什么问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-6 15:27:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-5 23:54
看具体体系,没法一概而论
有的体系本来就不适合抠成簇模型,而有的体系,诸如尿素晶体,抠成簇模型考察 ...

那我明白啦,谢谢sobereva老师

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