使用gaussian如何计算出AuCO2-的物理吸附的结构

guozh

老师，您好，我在Gaussian 09W中使用B3LYP/def2-TZVPP进行计算的AuCO2-的opt freq 计算的结构，结果为图1所示；
我看到一些文献中指出，AuCO2-结构存在化学吸附结构图2也存在物理吸附的结构即Au-CO2，图3；
我想请问老师，如何在gaussian 09 中设置gjf文件，可以计算出这样的结构。我在做光电子能谱的模拟，看到文献中提到物理吸附结构的VDE值比化学吸附结构VDE的值低,图4，所以想计算出这个结构，为后续做准备，敬请老师指点。

wzkchem5

这么小的体系现在还用DFT优化已经过时了，应该考虑用波函数方法，如CCSD(T)来做优化，并且显式考虑标量相对论效应和SOC。
算物理吸附的结构倒不是难事，文献已经给了物理吸附的键长了，照着文献的键长来在gaussview里调键长就行了

caofan_success

您好，可以分享一下这篇文献的DOI吗？

guozh

wzkchem5 发表于 2024-5-7 15:35
这么小的体系现在还用DFT优化已经过时了，应该考虑用波函数方法，如CCSD(T)来做优化，并且显式考虑标量相对 ...

谢谢老师的回复，如果是两个CO2或者多个CO2的配合物，再进行优化时，想要得到物理吸附的结构，如何确定Au与C之间的具体距离值多少为物理吸附，文献中已给出结构的结果，可以照着做，我是想知道他是用的什么方法，如何做的得到了这个物理吸附结果，会不会是0.1埃0.1埃的试着固定Au-C的间距呢？然后应用到更多的体系中去。

guozh

caofan_success 发表于 2024-5-7 15:58
您好，可以分享一下这篇文献的DOI吗？

http://dx.doi.org/10.1063/1.4935061

wzkchem5

guozh 发表于 2024-5-7 09:27
谢谢老师的回复，如果是两个CO2或者多个CO2的配合物，再进行优化时，想要得到物理吸附的结构，如何确定Au ...

一般来说，如果两个分子之间存在两种不同的吸附结构，一个键长短、一个键长长，键长短的结构接近共价键的键长（也就是共价半径之和），键长长的结构接近范德华相互作用的键长（范德华半径之和），那么前者为化学吸附，后者为物理吸附。
所以如果键长足够接近或甚至大于范德华半径之和，那么一定是物理吸附。但如果键长比范德华半径之和小很多，却又没小到共价半径之和，这时可能未必能严格地说这是物理吸附还是化学吸附，此时可以看这个体系是否有第二个吸附结构，如果有的话，第二个吸附结构的键长是否比你已经找到的这个吸附结构明显偏长或者明显偏短

wjc404

wzkchem5 发表于 2024-5-7 15:35
这么小的体系现在还用DFT优化已经过时了，应该考虑用波函数方法，如CCSD(T)来做优化，并且显式考虑标量相对 ...

好奇问一下什么软件目前能做CCSD(T)级别的SOC计算？ORCA的CASSCF/DCD-CAS(2)能做SOC不过CCSD(T)貌似没有说明。CFOUR貌似也没有。

update: 发现pyscf能做基于GHF的CCSD(T)，不过不知道用在这个问题上是否合适。

caofan_success

guozh 发表于 2024-5-7 16:28
http://dx.doi.org/10.1063/1.4935061

非常感谢分享！准备学习一下这篇文献。

wzkchem5

wjc404 发表于 2024-5-7 11:14
好奇问一下什么软件目前能做CCSD(T)级别的SOC计算？ORCA的CASSCF/DCD-CAS(2)能做SOC不过CCSD(T)貌似没有 ...

BDF可以做。ORCA的CCSD(T)基态计算不能考虑SOC，因此如果在ORCA里做，而且想考虑SOC的话，可以考虑NEVPT2或MRCISD+Q。原则上也可以以一个激发态为参考态做STEOM-CCSD计算，并且考虑SOC，但楼主的体系可能不存在适合当作参考态的激发态

guozh

wzkchem5 发表于 2024-5-7 16:52
一般来说，如果两个分子之间存在两种不同的吸附结构，一个键长短、一个键长长，键长短的结构接近共价键的 ...

感谢老师的详细的讲解