求助关于dmol3搜索到的过渡态结构原子跑出盒子的问题

沙白一粒 · 发表于 Post on 2024-5-7 17:47:14

使用Dmol3过渡态搜索，轨迹文件中未出现原子跑出盒子之外的现象，但搜索到的过渡态结构原子跑出盒子里，这是为什么，求助
反应：CH3+OH=CH2+H2O,反应物构型和产物构型如下图

过渡态如图，H跑出了盒子

计算参数为

zhuoh · 发表于 Post on 2024-5-7 18:20:23

你显示一下超胞，看是不是单纯的显示BUG

沙白一粒 · 发表于 Post on 2024-5-7 20:05:27

zhuoh 发表于 2024-5-7 18:20
你显示一下超胞，看是不是单纯的显示BUG

感谢感谢我试了一下改变diplay style为In-cell就恢复正常了，一改为original H原子就跑出去了，请问这算是显示故障吗，会影响计算数值吗

123wo · 发表于 Post on 2024-5-7 20:07:26

沙白一粒发表于 2024-5-7 20:05
感谢感谢我试了一下改变diplay style为In-cell就恢复正常了，一改为original H原子就跑出去了，请问这算 ...

不会哦，只是单纯的显示问题。可以检查一下能垒，在Outmol文件里面正常不

沙白一粒 · 发表于 Post on 2024-5-7 20:21:02

123wo 发表于 2024-5-7 20:07
不会哦，只是单纯的显示问题。可以检查一下能垒，在Outmol文件里面正常不

好嘞好嘞感谢感谢

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