Gaussian程序计算含碘、氢键、阴离子体系如何选择计算方法的问题？

emo舞者 · 发表于 Post on 2024-5-8 22:10:16

各位老师，同学你们好。以下是我计算的一个分子，准备使用的方法为M06-2X-D3/def2-TZVPP//B3LYP-D3(BJ)/def2TZVP，主要目的为优化结构以及能垒计算，想请教有没有不妥之处，是否有更好的选择。另外，由于体系中存在碘、氢键、阴离子，我比较纠结是否有必要添加弥散函数？如有必要具体如何添加？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 22:17:43

优化用6-311G*就够了，负电荷集中的原子用6-31+G*，I用def2-SVP或lanl08(d)

能垒计算时，负电荷集中的原子用ma-def2-TZVP

emo舞者 · 发表于 Post on 2024-5-8 22:36:35

好的老师，非常感谢！

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2024-5-9 10:43:56

碘的话，隐式溶剂模型可能得注意，有时候得用之前在明尼苏达大学的Christopher J. Cramer的SMD18。

emo舞者 · 发表于 Post on 2024-5-9 11:18:33

本帖最后由 emo舞者于 2024-5-9 11:47 编辑

sobereva 发表于 2024-5-8 22:17
优化用6-311G*就够了，负电荷集中的原子用6-31+G*，I用def2-SVP或lanl08(d)

能垒计算时，负电荷集中的原 ...

老师您好，还有个小问题想要请教。就是优化时其他原子我用6-311G*，I用def2-SVP，这个时候用gen还是genecp？I还需要在最后定义赝势么（如下所示）？
# B3LYP/genecp opt freq em=GD3BJ

C H O 0
6-311G*
****
I 0
def2SVP
****

I 0
I-ECP    3    28
f potential
  4
2    19.45860900          -21.84204000
2    19.34926000          -28.46819100
2    4.82376700          -0.24371300
2    4.88431500          -0.32080400
s-f potential
  7
2    40.01583500          49.99429300
2    17.42974700          281.02531700
2    9.00548400          61.57332600
2    19.45860900          21.84204000
2    19.34926000          28.46819100
2    4.82376700          0.24371300
2    4.88431500          0.32080400
p-f potential
  8
2    15.35546600          67.44284100
2    14.97183300          134.88113700
2    8.96016400          14.67505100
2    8.25909600          29.37566600
2    19.45860900          21.84204000
2    19.34926000          28.46819100
2    4.82376700          0.24371300
2    4.88431500          0.32080400
d-f potential
  10
2    15.06890800          35.43952900
2    14.55532200          53.17605700
2    6.71864700          9.06719500
2    6.45639300          13.20693700
2    1.19177900          0.08933500
2    1.29115700          0.05238000
2    19.45860900          21.84204000
2    19.34926000          28.46819100
2    4.82376700          0.24371300
2    4.88431500          0.32080400

emo舞者 · 发表于 Post on 2024-5-9 11:20:02

Daniel_Arndt 发表于 2024-5-9 10:43
碘的话，隐式溶剂模型可能得注意，有时候得用之前在明尼苏达大学的Christopher J. Cramer的SMD18。

好的，感谢您的提醒。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-10 07:37:19

emo舞者发表于 2024-5-9 11:18
老师您好，还有个小问题想要请教。就是优化时其他原子我用6-311G*，I用def2-SVP，这个时候用gen还是genec ...

#里直接用def2SVP会自动对I加相应的赝势，自定义形式使用必须用genecp指定赝势
写法没错

emo舞者 · 发表于 Post on 2024-5-10 11:13:48

sobereva 发表于 2024-5-10 07:37
#里直接用def2SVP会自动对I加相应的赝势，自定义形式使用必须用genecp指定赝势
写法没错

好的非常感谢老师！

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