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[GROMACS] 使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子

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发表于 Post on 2014-12-14 22:54:03 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
:本文的做法如今已经完全过时,如今强烈建议用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建立纳米球/管/板的拓扑文件,比x2top灵活得多,参考网页里的例子。

使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子

文/Sobereva @北京科音   2014-Dec-15


很早以前写过一个帖子《amber与gromacs读入碳纳米管的方法》(http://sobereva.com/39)介绍了怎么用gromacs处理碳纳米管,不过貌似还是有很多人不会。这里就提供一个在真空中和在水中模拟碳纳米管的简单且完整的例子。这个小教程本来是给一个国际友人写的,所以都是英文。本文用的是Gromacs 4.6.5,文中的CNT10指的是一个很普通的碳纳米管,cnt10.pdb是其结构文件,这可以用Nanotube Modeler很容易地产生。

文中涉及到的文件在此:
md.mdp (898 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 325)

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发表于 Post on 2014-12-15 07:33:34 | 显示全部楼层 Show all
强烈顶贴!Sob老师就是强!

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发表于 Post on 2015-3-5 09:18:01 | 显示全部楼层 Show all
Sob老师,问一个比较傻的问题:这里如果用
g_x2top -f cnt10.pdb -o CNT10.top -ff select -nopbc -name CNT10 -kb 400000 -kt 600 -kp 150
atomname2type.n2t可以让距离0.142nm的碳看成是CR1的碳, 但是怎么得到键,角的信息呢?
因为我在用的时候老是显示: can not find forcefield for atom C with 0 bonds
非常感谢!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-5 18:50:11 | 显示全部楼层 Show all
shanshan 发表于 2015-3-5 09:18
Sob老师,问一个比较傻的问题:这里如果用
g_x2top -f cnt10.pdb -o CNT10.top -ff select -nopbc -name C ...

你先严格、完整地重复一下帖子中的例子,需要的文件都提供了。如果不行,换成文中的gmx版本(有的版本在判断时可能有bug)
只要能根据n2t正确判断出原子,在top里bond、angle、dihedral项就都会有了
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发表于 Post on 2015-3-6 03:24:41 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2015-3-5 18:50
你先严格、完整地重复一下帖子中的例子,需要的文件都提供了。如果不行,换成文中的gmx版本(有的版本在 ...

非常感谢~~~试了无数遍终于发现是版本问题。

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发表于 Post on 2015-4-9 10:04:38 | 显示全部楼层 Show all
你好,我想请问一下,如果初始的pdb是一个蛋白质和纳米管的复合物,然后再加溶剂进行动力学,那么生成top的过程是怎么样的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-9 13:57:10 | 显示全部楼层 Show all
lingogo 发表于 2015-4-9 10:04
你好,我想请问一下,如果初始的pdb是一个蛋白质和纳米管的复合物,然后再加溶剂进行动力学,那么生成top的 ...

单独构造一个纳米管的itp文件。然后用一般方法构建蛋白质的top文件,把纳米管的include进去并把纳米管的结构和蛋白质结构合并。然后加水。
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发表于 Post on 2015-4-9 18:00:16 | 显示全部楼层 Show all
谢谢分享!

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发表于 Post on 2015-4-14 10:34:42 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2015-4-9 13:57
单独构造一个纳米管的itp文件。然后用一般方法构建蛋白质的top文件,把纳米管的include进去并把纳米管的 ...

sob老师,再请问一下,碳纳米管的itp文件如何构造呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-18 05:16:28 | 显示全部楼层 Show all
lingogo 发表于 2015-4-14 10:34
sob老师,再请问一下,碳纳米管的itp文件如何构造呢?

按此贴的方法用x2top就得到了
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发表于 Post on 2015-4-18 10:14:11 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2015-4-18 05:16
按此贴的方法用x2top就得到了

sob老师,不好意思我比较笨,我用了这个方法,最后只得到了CNT10.top,itp文件需要用什么命令生成或者转化吗?

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发表于 Post on 2015-4-18 14:25:30 | 显示全部楼层 Show all
你把CNT10.top改名为CNT10.itp,然后自己写一个top文件将这个itp文件include进去就可以了!建议看看手册第5章的内容

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ruanyang 发表于 2015-4-18 14:25
你把CNT10.top改名为CNT10.itp,然后自己写一个top文件将这个itp文件include进去就可以了!建议看看手册第5 ...

非常感谢

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发表于 Post on 2017-10-29 20:35:56 | 显示全部楼层 Show all
看来这个软件用途广,学习

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发表于 Post on 2019-6-14 23:16:32 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 wh.shen 于 2019-6-14 23:38 编辑

sob老师,按照您的方法在gromos54a7.ff力场下可以做碳纳米管的模拟。我要做的是在amber03力场下丝蛋白加入纳米管,这个时候我在主top文件中include CNT.itp(CNT.itp是在gromos54a7.ff力场下生成的),但是在生成运行文件时出现截图中错误。
当我尝试在amber03力场下生成CNT.itp时,(同样将CNT.itpinclude到主top中)错误变为找不到CR1类型原子。
请教老师!@sobereva
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