使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-14 23:56:48

wh.shen 发表于 2019-6-14 23:16
sob老师，按照您的方法在gromos54a7.ff力场下可以做碳纳米管的模拟。我要做的是在amber03力场下丝蛋白加入 ...

top文件里字段顺序不对。forcefield.itp必须是第一个引入的

wh.shen · 发表于 Post on 2019-6-15 10:02:29

sobereva 发表于 2019-6-14 23:56
top文件里字段顺序不对。forcefield.itp必须是第一个引入的

sob老师，我尝试了改字段位置还是没有搞定，麻烦您帮我看下，fws.top是主top，CNT.itp是纳米管的top@sobereva

结构文件传不上来。。。结构文件https://gitee.com/silkcnt/silkcnt/blob/master/silkcnt.gro我放到链接里了

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-16 00:49:46

wh.shen 发表于 2019-6-15 10:02
sob老师，我尝试了改字段位置还是没有搞定，麻烦您帮我看下，fws.top是主top，CNT.itp是纳米管的top@sobe ...

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、加快下载速度。已经把你的违规超标的附件删了，以后注意。
你的fws.top里根本就没引入CNT.itp。如果把后者引入前者，显然得把后者对forcefield.itp的引用删掉，否则[defaults]明显会出现两次

lao7 · 发表于 Post on 2019-7-16 23:26:06

请问，我执行这一步的时候：“g_x2top -f cnt10.pdb -o CNT10.top -ff select -nopbc -name CNT10 -kb 400000 -kt 600 -kp 150”为什么显示“bash:g_x2top: command not found...” gromacs版本是2018.4. 上面的atomname2type.n2t文件夹已经建立。执行GMX命令显示软件安装正常。我是把sob提供的四个附件文件拷贝到home/user下，和gromacs安装文件放在一个文件夹下。
好些年学的，忘完了！谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-17 02:17:29

lao7 发表于 2019-7-16 23:26
请问，我执行这一步的时候：“g_x2top -f cnt10.pdb -o CNT10.top -ff select -nopbc -name CNT10 -kb 4000 ...

这个教程是对于5.0版以前的，不适合当前版本

杨洁 · 发表于 Post on 2019-9-2 16:29:41

本帖最后由杨洁于 2019-9-2 16:31 编辑

sob老师，您好,刚接触GMX。按您的方法进行操作（我的版本是2019.3），在md_vacuum里添加了cutoff-scheme = group,改到和4.6的默认一致
grompp -f md_vacuum.mdp -c cnt10.pdb -p CNT10.top -o md_vacuum.tpr
没有得到tar结果，请问这是什么原因呢?

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-3 00:29:30

杨洁发表于 2019-9-2 16:29
sob老师，您好,刚接触GMX。按您的方法进行操作（我的版本是2019.3），在md_vacuum里添加了cutoff-scheme = ...

我不知道你说的tar是什么
加上-maxwarn 10，忽略最多10个warning就完了

杨洁 · 发表于 Post on 2019-9-3 11:38:37

sobereva 发表于 2019-9-3 00:29
我不知道你说的tar是什么
加上-maxwarn 10，忽略最多10个warning就完了

谢谢，好了！不好意思,tpr打错了。

杨洁 · 发表于 Post on 2019-9-3 17:09:12

sob老师，还有一个问题。如果我想模拟管壁带电的碳纳米管，需要对力场的选择和n2t文件进行改动吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-4 01:45:53

杨洁发表于 2019-9-3 17:09
sob老师，还有一个问题。如果我想模拟管壁带电的碳纳米管，需要对力场的选择和n2t文件进行改动吗？

不一定非得改。但如果是那种因为带电都能令结构扭曲得比较厉害的情况（可以用量化程序优化一下看看结构），那得做特殊考虑

adong · 发表于 Post on 2019-9-23 12:00:49

sob老师，请问如果我想做有机溶剂在金属表面的动力学模拟，如何添加有机溶剂？是跟添加水一样吗？有机溶剂的itp文件是自己构建吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-25 03:21:13

adong 发表于 2019-9-23 12:00
sob老师，请问如果我想做有机溶剂在金属表面的动力学模拟，如何添加有机溶剂？是跟添加水一样吗？有机溶剂 ...

如果对初始要求高，先对有机溶剂做NPT跑出一个平衡后的溶剂盒子，用gmx solvate对真空区加溶剂
要求不高的话用packmol就行

是，用这里提到的工具。其中acpype我个人最推荐
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

adong · 发表于 Post on 2019-9-25 11:29:51

sobereva 发表于 2019-9-25 03:21
如果对初始要求高，先对有机溶剂做NPT跑出一个平衡后的溶剂盒子，用gmx solvate对真空区加溶剂
要求不高 ...

好的，谢谢老师

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-9-28 22:45:24

Program: gmx x2top, version 2018.4
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.cpp (line 546)

Fatal error:
No or incorrect atomname2type.n2t file found (looking for gromos54a7.ff)
老师请问我把atomname2type.n2t放在了gromos54a7.ff下面，但是为什么运行gmx x2top -f cnt10.pdb -o CNT10.top -ff select -nopbc -name CNT10 -kb 400000 -kt 600 -kp 150
后出现这样的错误？应该怎么修改？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-29 02:39:16

liuyjhx 发表于 2019-9-28 22:45
Program: gmx x2top, version 2018.4
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.cpp (line 546)
...

不在现场说不清楚
确认文件内容符合格式规矩，gmx安装过程完全正确，包括已经source了GMXRC文件

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[GROMACS] 使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子