使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子

adong

sobereva 发表于 2019-9-25 03:21
如果对初始要求高，先对有机溶剂做NPT跑出一个平衡后的溶剂盒子，用gmx solvate对真空区加溶剂
要求不高 ...

老师，请问像LiPF6这样的化合物如何添加到混合溶剂里面？是分别插入Li+离子和PF6-离子吗？PF6-离子的拓扑信息如何添加呢？

sobereva

adong 发表于 2019-10-6 21:23
老师，请问像LiPF6这样的化合物如何添加到混合溶剂里面？是分别插入Li+离子和PF6-离子吗？PF6-离子的拓扑 ...

是。packmol插入

先想办法构造出PF6-的拓扑信息，然后在主top文件中include

黑色幽默pxj

请问在gmx里面使用interface力场也这么操作嘛？我需要做一个蛋白和二氧化硅的复合物，文献中说二氧化硅是用的interface力场。

DwyaneWan

sob 老师如果要生成表面带羧基的CNT的话，在n2t文件中应该怎么去填写C.H.O的次序呢？

sobereva

DwyaneWan 发表于 2020-12-22 15:11
sob 老师如果要生成表面带羧基的CNT的话，在n2t文件中应该怎么去填写C.H.O的次序呢？

n2t里不用管次序的事，只需要考虑内容

DwyaneWan

sob老师我有几个问题，
1.如果按照你的例子用gromos力场生成的羧基化的碳纳米管的top，原子电荷算下来是负的感觉不对劲。能否用RESP电荷呢？
2.对于碳纳米管，原子数为500个，如果我用xtb优化那么事先接枝上的羧基就会远离碳纳米管，那我还需要优化嘛？
3.对于500个原子的羧基碳纳米管，我用orca算单点，我核数给到16，内存给到64g还是会爆内存错误。能否用xtb算出的单点能去计算resp电荷呢，用于之后的分子动力学模拟呢？我用xtb算的单点，拟合的resp电荷除了和羧基相连的c电荷数高一些，碳纳米管的碳原子电荷都在零附近波动。所以想请问老师这样可行吗？

sobereva

DwyaneWan 发表于 2020-12-27 04:17
sob老师我有几个问题，
1.如果按照你的例子用gromos力场生成的羧基化的碳纳米管的top，原子电荷算下来是负 ...

1 我的文中并没有说原子电荷的事，不知道你怎么得到的
羧基整体的吸电子能量并不多强，如果纳米管部分为轻微的正值并无异常
用Multiwfn在恰当级别下算RESP电荷更好。如果算不动，索性让整个纳米管部分原子电荷都为0。

2 可能是初始结构不理想。另外，xtb支持不同方法，说清楚用的是哪种。
亦可尝试用半经验方法优化。

3 GFN-xTB的波函数质量太低劣，算RESP电荷的质量无法接受

DwyaneWan

sobereva 发表于 2020-12-27 06:38
1 我的文中并没有说原子电荷的事，不知道你怎么得到的
羧基整体的吸电子能量并不多强，如果纳米管部分为 ...

老师你在博文中的碳纳米管全部都是C，所以你你在n2t文件里所有的的碳原子的电荷都为0。 我搜到一篇马普所做的关于羧基化的碳纳米管（https://doi.org/10.1039/C8FD00011E）。他得到RESP电荷的实验步骤the geometry was optimized and restraint electrostatic potential (RESP) charges 67 were calculated using R.E.D. (version III.52) with Gaussian 09 (RESP-A1: HF/6-31G* Connolly surface algo., 2 stage RESP fit qwt=.0005/.001). 由于我的碳纳米管有400多个原子，如果要用精度比较好的基组去算实在算不动，所以我用GFN-xTB算点拟合了的RESP电荷和他的作比较。
他的羧基C的charge为0.72，羧基上的=O的charge为-0.55，羧基上(-OH)的O和H的charge为-0.6和0.44。
我的拟合出的结果是羧基上的C的charge为0.68到0.88（因为我的羧基是randomly分布在碳管表面，他的羧基只在碳纳米管两段），羧基上的=O的charge为-0.71到-0.57，羧基（-OH）的O和H上的charge分别为-0.75到-0.55以及0.52到0.57。
如果我按照他的电荷用在我的拓扑上会使得我的碳纳米管的整体charge小于0，但是如果GFN-xTB算出的单点拟合出来的RESP的话，按老师的意思质量无法接受。我也跟类似的论文中做氧化石墨烯的含氧官能团的RESP电荷做了对比，发现我拟合出的电荷整体趋势上跟别人的是类似的。
如果我拟合出的RESP电荷质量不行的化，不知道还有别的方法呢？还是说就用acpype生成的电荷使用呢？

sobereva

DwyaneWan 发表于 2020-12-28 00:44
老师你在博文中的碳纳米管全部都是C，所以你你在n2t文件里所有的的碳原子的电荷都为0。 我搜到一篇马普所 ...

acpype直接给的AM1-BCC电荷明显更不妥，那都是对一批有机小分子训练的校正参数，而且本身对静电势重现性就比RESP明显要差，此文第7节已经充分体现了：http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

直接把羧基接上一个较小（或较短）的纳米管用Multiwfn算RESP电荷。然后把羧基以及相连那一些原子的电荷挪到实际体系上，其它纳米管原子电荷当成0。

DwyaneWan

sobereva 发表于 2020-12-28 06:59
acpype直接给的AM1-BCC电荷明显更不妥，那都是对一批有机小分子训练的校正参数，而且本身对静电势重现性 ...

好的，感谢老师。

jun.ren

sob老师，我执行第一串命令时出错：No or incorrect atomname2type.n2t file found (looking for gromos54a7.ff)，这是怎么回事？谢谢先！

sobereva

jun.ren 发表于 2021-1-15 17:13
sob老师，我执行第一串命令时出错：No or incorrect atomname2type.n2t file found (looking for gromos54a ...

你若选择GROMOS54A7力场，必须自行创建和编辑gromos54a7.ff目录下的atomname2type.n2t之后x2top才能用

吧唧爱吃糖

老师您好，按照您的方法
1.在n2t文件上原子类型处写的是不属于oplsaa力场包含的原子类型CX，生成top文件之后在top文件中include了修改过的ffnonbonded-cnt.itp文件，文件中的C原子类型用的是top文件中的CX。之后grompp用得就是这个生成的top文件。之后报错 Atomtype CX not found应该如何解决？直接在atomtypes.atp中添加吗？
2.我在x2top命令中选择的是oplsaa力场，如果我想在n2t文件中选择力场中包含的原子类型，oplsaa力场中的atomtypes.atp中包含了很多碳的原子类型，我应该如何选择？（文献中未提到）麻烦sob老师了，若得回复十分感谢

sobereva

吧唧爱吃糖 发表于 2022-9-17 16:44
老师您好，按照您的方法
1.在n2t文件上原子类型处写的是不属于oplsaa力场包含的原子类型CX，生成top文件之 ...

如果没有特殊要求，别基于OPLS-AA，原子类型定义得乱糟糟的
如今我都建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建这类体系的拓扑文件，比x2top灵活强大得多

吧唧爱吃糖

sobereva 发表于 2022-9-18 04:13
如果没有特殊要求，别基于OPLS-AA，原子类型定义得乱糟糟的
如今我都建议用sobtop（http://sobereva.com ...

老师您好，我是gromacs的新手，我直接进行nvt模拟的时候会出现这样的错误然后就停止了。


我想可能是结构不够好，所以我进行了能量最小化，但是会出现模型中本应在纳米管内的水分子全部都移动到纳米管外的情况。

我想问老师
1.nvt出现这样的错误是否是由于结构不够优化？如果直接进行nvt应该怎么解决报错？
2.为什么能量最小化会出现这样的问题，应该怎么解决。
附上两次的mdp文件。十分感谢sob老师。