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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] 使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-21 22:42:43 | 只看该作者 Only view this author
吧唧爱吃糖 发表于 2022-9-20 10:00
老师您好,我是gromacs的新手,我直接进行nvt模拟的时候会出现这样的错误然后就停止了。

没结构文件不好说
肉眼看上去,垂直于管的方向盒子尺寸太小了。当前不该用EnerPres
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发表于 Post on 2022-9-22 22:06:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吧唧爱吃糖 于 2022-9-22 22:11 编辑
sobereva 发表于 2022-9-21 22:42
没结构文件不好说
肉眼看上去,垂直于管的方向盒子尺寸太小了。当前不该用EnerPres

老师,这个是我的结构文件,我在min.mdp文件中按照您的知道把EnerPres项注释掉了,但是问题还是没有解决。而且输出力原子编号出现了47091,但是我Gro文件里没有这么多原子啊。。。
在SWNT.mdp文件中注释掉EnerPres后问题也没有解决

CNT.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-23 05:18:27 | 只看该作者 Only view this author
吧唧爱吃糖 发表于 2022-9-22 22:06
老师,这个是我的结构文件,我在min.mdp文件中按照您的知道把EnerPres项注释掉了,但是问题还是没有解决 ...

除非文件搞错了,否则不可能提示47091号原子
注意拓扑文件和结构文件的对应关系
而且用这么长的管很莫名其妙
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发表于 Post on 2022-10-14 15:33:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我第一次尝试做分子模拟,对于整个模拟过程还是很模糊,想跟您请教,我输入第一个命令,为什么显示的是没有g_x2top这个命令,请问这是为什么,是我Gromacs装错了吗?但是我输入gxm可以正常显示版本。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 20:07:55 | 只看该作者 Only view this author
RES 发表于 2022-10-14 15:33
sob老师,我第一次尝试做分子模拟,对于整个模拟过程还是很模糊,想跟您请教,我输入第一个命令,为什么显 ...

g_x2top是5.0以前的版本才用的,早已过时
这种体系目前都建议用sobtop建立拓扑文件,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子
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发表于 Post on 2022-10-14 21:12:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 20:07
g_x2top是5.0以前的版本才用的,早已过时
这种体系目前都建议用sobtop建立拓扑文件,看http://sobereva. ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-14 22:11:20 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下,建立好碳纳米管后,里面塞入水分子。做能量最小化的时候,碳纳米管分裂成四块,这个是什么问题呢?

202210142210533973..png (17.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 22:16:16 | 只看该作者 Only view this author
YPL 发表于 2022-10-14 22:11
我想请问一下,建立好碳纳米管后,里面塞入水分子。做能量最小化的时候,碳纳米管分裂成四块,这个是什么问 ...

搞清楚PBC是什么自然就明白了
不想分成四部分的话,一开始的坐标不要出现负值,否则会被挪到盒子另一头
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发表于 Post on 2022-10-14 22:18:06 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-14 22:41:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 22:16
搞清楚PBC是什么自然就明白了
不想分成四部分的话,一开始的坐标不要出现负值,否则会被挪到盒子另一头

再请教一下,使用Nanotube Modeler软件建立的碳纳米管默认坐标位置就带负值,请问这个怎么更改呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-15 00:31:22 | 只看该作者 Only view this author
YPL 发表于 2022-10-14 22:41
再请教一下,使用Nanotube Modeler软件建立的碳纳米管默认坐标位置就带负值,请问这个怎么更改呢?

gmx editconf结合-translate可以平移体系
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发表于 Post on 2022-10-15 13:14:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-15 00:31
gmx editconf结合-translate可以平移体系

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-15 15:53:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 20:07
g_x2top是5.0以前的版本才用的,早已过时
这种体系目前都建议用sobtop建立拓扑文件,看http://sobereva. ...

sob老师,我是想要进行一个简单的模拟,是在真空中,对于无氢的开口碳管,想要用分子动力学模拟查看氢原子或者离子更易于跟那个位置的C成键,老师您看我这种思路适合用分子动力学来模拟吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 04:06:43 | 只看该作者 Only view this author
RES 发表于 2022-10-15 15:53
sob老师,我是想要进行一个简单的模拟,是在真空中,对于无氢的开口碳管,想要用分子动力学模拟查看氢原子 ...

至少不适合GROMACS,GROMACS不支持反应力场,没法描述动力学动力学过程中的成键
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发表于 Post on 2022-10-16 21:03:20 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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