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各位老师好
目前我是想按照文献的方法（图片所示）来应用到我自己的课题上，酞菁衍生物分子加上手性的侧链，一共562个原子，包括C\O\H\S\N。实验上是观测到S手性的分子堆起起来的柱状超分子是右旋，R手性的堆积起来是左旋，R+S实验上得到的是右旋。原料也是S手性的更便宜，所以推测应当S手性比R手性的单分子更稳定，且堆积起来以后也是S导致的右旋有优势。
实验计算的方案是，用GFN2-xtb来优化SSS\RRR\SRS\RSR的结构，最后对比单点能，再细算弱相互作用之类的来探究一下具体的机制。
碰到的问题：算出来的能量是SSS比RRR的高，和实验上观测的是相反（R+S形成的是S对应的右旋）；实验上长不出来晶体，S和R单体优化出来的结构构象太多了，如果是用SSS或者RRR优化以后的构象取一个出来当作单体的话是S的能量比R的高，也和实验对不上。
另外，文献中取了20个分子右旋扭转了360°左右，每个分子旋转20°左右（似乎是每个单体优化一下结构然后自己按角度摆上去算个单点的），但是并没有给SEM图，我们的SEM图里边几万个分子长度螺旋柱才够转180°（他的应该也差不多）。文献中这种做法是合理的吗？如果不是的话 我能用什么思路和做法去研究这个体系呢？
谢谢各位老师
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发表于 Post on 2024-5-10 20:12:03
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楼主 Author