[脚本] 批量自动提取cp2k能量计算结果中的Total Energy

stishovite

手动提取能量计算结果是个大工程，于是编了下面这个自动提取最终能量值的脚本（见附件）：

1. @echo off
   
2. setlocal enabledelayedexpansion
   
3. 
   
4. set "output_file=TotalEnergy.csv"
   
5. echo File Name,Total Energy > "%output_file%"
   
6. 
   
7. for %%F in (*.out) do (
   
8.     set "final_energy="
   
9.     for /f "usebackq delims=" %%L in ("%%F") do (
   
10.         set "line=%%L"
    
11.         if not "!line:Total energy=!"=="!line!" set "final_energy=!line!"
    
12.     )
    
13.     if defined final_energy (
    
14.         for /f "tokens=3" %%E in ("!final_energy!") do (
    
15.             echo %%F,%%E >> "%output_file%"
    
16.         )
    
17.     )
    
18. )
    
19. 
    
20. echo Done! Total Energy data saved to "%output_file%".

复制代码

将TotalEnergy.bat放在cp2k能量计算结果的文件夹中，双击运行，即可自动提取*.out文件中Total Energy的最终值，并在当前目录下生成TotalEnergy.csv文件，可直接用Excel打开，很方便。

下图是打开TotalEnergy.csv后的样子。



TotalEnergy.bat (548 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 34)

2024-5-14 22:21 上传 Uploaded

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自动批量提取能量值

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112233112233

是不是来一个for循环更方便
for i in {01..20}; do echo -n "image_${i}: "; grep "Total FORCE_EVAL" energy_${i}.out | tail -n 1 | awk '{print $NF}'; done

Uus/pMeC6H4-/キ

112233112233 发表于 2026-1-26 16:57
是不是来一个for循环更方便
for i in {01..20}; do echo -n "image_${i}: "; grep "Total FORCE_EVAL" ene ...

楼主看起来是打算把CP2K计算结果下载到Windows再用bat脚本提取结果的，而你这个是在Linux里面跑的shell命令，其实都用了for循环的逻辑，循环时文件名怎么用变量确定得看具体情形。

另外，awk 里面 $NF 代表的是一行内的总field数而不是某个field的内容。循环每个文件时不需要 grep | tail | awk 这么多重的 pipe ，对于匹配文本不涉及跨行、只需要文件末尾最后一个结果的情况，grep | tail 的逻辑可以用反向 cat 即 tac 代替：

1. tac energy_${i}.out | awk '/ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy/ { print $9; exit }'

复制代码

stishovite

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-1-26 18:24
楼主看起来是打算把CP2K计算结果下载到Windows再用bat脚本提取结果的，而你这个是在Linux里面跑的shell命 ...

谢谢大神的优化方案