气液界面的表面张力过大

leoli · 发表于 Post on 2024-5-15 16:51:18

模拟的表面张力比实验数值要大得多，计算公式也是讲义里面的，而且复配体系对界面的表面张力几乎没有改变，用的是charmm36力场和GAFF，上传了mdp文件和盒子的大小照片，希望帮我看一下，具体的问题出现在哪里。多谢各位！！！

leoli · 发表于 Post on 2024-5-15 16:53:24

表面张力大小截图没有截全第五列是计算后表面张力的大小第六列是#Surf*SurfTen

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-15 22:48:28

leoli 发表于 2024-5-15 16:53
表面张力大小截图没有截全第五列是计算后表面张力的大小第六列是#Surf*SurfTen

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

charmm36力场和GAFF力场本来就不能兼容。用的水模型说清楚

先把纯水的表面张力，以及文献里相关体系的值重复出来，确保操作无误再说

leoli · 发表于 Post on 2024-5-16 08:40:22

本帖最后由 leoli 于 2024-5-16 10:00 编辑

sobereva 发表于 2024-5-15 22:48
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

不好意思，关于补充原帖问题。
水的模型用的spc/e,中间也试过OPC，变化不大，纯水的表面张力用charmm的力场已经测出来和讲义里面的大小相符合为62.5795468mN/m。模拟过程中gromacs没有报错，现在不清楚是建模问题，还是力场问题，还是mdp参数问题。
这个体系是气液界面，上下是真空的，所以用的nvt。
GAFF力场可以和AMBER99SB-ILDN兼容，我去试一下，请问社长我的mdp设置有问题吗？
多谢社长回答问题！

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-17 03:35:51

leoli 发表于 2024-5-16 08:40
不好意思，关于补充原帖问题。
水的模型用的spc/e,中间也试过OPC，变化不大，纯水的表面张力用charmm的 ...

没事别自己改fourierspacing
水和离子耦合很强，不要单独控温
其它没明显问题

leoli · 发表于 Post on 2024-5-17 11:16:18

sobereva 发表于 2024-5-17 03:35
没事别自己改fourierspacing
水和离子耦合很强，不要单独控温
其它没明显问题

谢谢您的回答。
如果mdp文件没有问题的话，表面张力过大，会是力场不兼容导致的吗？
建模我用的是genmixmem_1.2构建的磷脂双分子层，水分子也是相切与表面活性剂头基部分，不知道建模部分会不会出现问题。上面有盒子的图片。
麻烦了！

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-5-17 12:04:25

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-5-17 12:15 编辑

表面活性剂体系，需要在建模时让模型的表/界面吸附量Γ和实验测定表/界面张力值时对应的Γ相等，才能和实验的表/界面张力进行对比。往往只有在CMC时测定的表/界面张力实验值才有对应的Γ，因此只能用CMC状态下的模型和实验进行对比。实现这一点需要比较复杂的操作，并不是直接建模就可实现（直接建模，几乎不可能把表面活性剂的密度塞到CMC的程度），需要先建非饱和模型，再做NPγT模拟来使模型达到近似饱和的状态。认真看https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432

以往表面活性剂的MD研究全是自说自话，基本不能和实验直接对比，算的东西很难说有实际意义，因为以往研究完全没考虑Γ的问题。你当前的问题也是如此。

leoli · 发表于 Post on 2024-5-19 13:02:53

Entropy.S.I 发表于 2024-5-17 12:04
表面活性剂体系，需要在建模时让模型的表/界面吸附量Γ和实验测定表/界面张力值时对应的Γ相等，才能和实验 ...

谢谢您的回复！
我拜读您的文章后，发现您在气液界面中，使用了NPzT模拟，本来盒子上方的真空区会被压缩的吧。需要模拟气液界面的话，盒子被压缩后，就没有气液界面了。可能我有什么误解，希望能得到您的解答。还是对于气液界面应该用NPyT模拟。
我用自己的盒子进行了NPzT模拟后，表面张力的大小得到了明显的改动。但是用Press-XX、Press-YY、Press-ZZ 、盒子Z尺寸和#Surf*SurfTen分别去计算表面张力的数值是不一样的。这是因为盒子的尺寸得到了改变吗？

xishaofan · 发表于 Post on 2024-11-27 21:58:25

leoli 发表于 2024-5-17 11:16
谢谢您的回答。
如果mdp文件没有问题的话，表面张力过大，会是力场不兼容导致的吗？
建模我用的是genmi ...

; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale          ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = MOL CL SOL      ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.2    0.2  0.2       ; time constant, in ps
ref_t                = 298.15    298.15  298.15       ; reference temperature, one for each group, in K

你好，请问此处为什么要对不同物质分别控温？

1084584215 · 发表于 Post on 2024-11-28 10:44:14

leoli 发表于 2024-5-19 13:02
谢谢您的回复！
我拜读您的文章后，发现您在气液界面中，使用了NPzT模拟，本来盒子上方的真空区会被压缩 ...

气液界面也是一样的，你只要设置z方向压缩率为0就可以了

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[GROMACS] 气液界面的表面张力过大

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