老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-21 02:30:47

现在问GROMACS用grompp时出现Invalid order for directive atomtypes的报错现在在计算化学公社论坛里、思想家公社QQ群里简直成了周经甚至半周经问题，我都在论坛里回复过无数遍。以后再有问这个的，我一律直接合并到本帖里，并且不再重复回复。

为什么出现这种报错、怎么解决，在我讲的北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的下面这页ppt里已经体现得没法更清楚。自己仔细检查top中和其中各个被include的itp文件（以及被include的文件中include的文件），确保所有include文件全被展开后，grompp最终看到的拓扑文件里字段顺序正确，即满足下面ppt提到的顺序就完了，当前顺序若不合理就自己调整。一定要搞清楚拓扑文件里#include这种预处理指令是什么，一定要牢记，grompp最终看到的拓扑文件的内容，是所有以这种方式include的文件都完全展开后的！

如果你对gromacs的拓扑文件一点都不了解、始终稀里糊涂搞不明白，强烈建议参加上述培训系统性学一遍，就全都彻底明白了

sunchao · 发表于 Post on 2024-6-18 17:46:39

topol.top (2.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

yibinchun.itp (8.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

sunchao · 发表于 Post on 2024-6-18 17:47:15

请问老师，这个是怎么处理呢

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-6-18 18:31:19

很常见的报错，看这个http://bbs.keinsci.com/thread-14401-1-1.html

12313 · 发表于 Post on 2024-6-30 20:08:36

各位老师好，我按照论坛首页的蛋白-配体分子分子动力学模拟流程进行，我的topol.top文件是这样的，MOL.itp是我用sobtop产生的配体分子的itp文件，posre.itp是gmx pdb2gmx指令生成的蛋白质限制势itp文件。配体分子的限制势我用gmx genrestr指令产生为posre_mol.itp文件，之后按照流程在MOL.itp文件的末尾进行了相关语句添加，如下图。

但是在我之后进行gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -o ions.tpr -p topol.top -maxwarn 1后，提示这样的错误，如下图

想问一下老师们，我是哪一步出错了？

student0618 · 发表于 Post on 2024-6-30 20:18:01

本帖最后由 student0618 于 2024-6-30 20:21 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Try to use the search function of this forum, this is a frequently asked question.

12313 · 发表于 Post on 2024-6-30 21:45:10

student0618 发表于 2024-6-30 20:18
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Try to use the search function of this forum, this i ...

好的，谢谢老师

dandanhu · 发表于 Post on 2024-8-21 20:13:42

本帖最后由 dandanhu 于 2024-8-21 20:12 编辑

各位老师，我想通过gromacs计算有机物小分子与聚合物的分子动力学，这两个分子（结构如下）的拓扑文件都通过Sobtop获得（由于聚合度较小，这两个分子都按照Sob老师给出的例2 ，基于GAFF力场获得）。

在建好盒子，溶剂化后，体系不带电荷未添加离子，直接进行能量最小化，运行 gmx grompp -f minim.mdp -c solv.gro -p topol.top -o em.tpr 命令报错

不知道是topol.top文件问题还是分子的itp文件的问题，烦请各位老师指教！

附上topol.top文件与itp文件

topol.top文件：
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
   1             2             yes          0.5    0.8333

#include "HPMCAS.itp"
#include "VEM.itp"

; Include water topology
#include "spc.itp"

[ system ]
HPMCAS in water

[ molecules ]
; Molecule    nmols
HPMCAS       4
VEM          6
SOL          32385

itp文件：

VEM.itp (25.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

HPMCAS.itp (232.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-8-22 00:37:26

VEM.itp的[atomtypes]出现在了HPMCAS.itp的[molecular type]之后
把两个文件的[atomtypes]字段合并后，放在topol.top文件中的[default]字段下面
看http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-4 17:02:53

本帖最后由 student0618 于 2024-10-4 20:29 编辑

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[GROMACS] 老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错答疑专帖

运行时出现了Invalid order for directive atomtypes错误

蛋白配体复合物体系进行gmx grompp过程后提示配体的itp文件有错？

求助：能量最小化过程topol.top文件读取报错