老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-21 02:30:47

现在问GROMACS用grompp时出现Invalid order for directive atomtypes的报错现在在计算化学公社论坛里、思想家公社QQ群里简直成了周经甚至半周经问题，我都在论坛里、群里回复过无数遍。以后再有问这个的，我一律直接合并到本帖里，并且不再重复回复。下面我说得明白得没法更明白，我没有任何可补充的。

为什么出现这种报错、怎么解决，在我讲的北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的下面这页幻灯片里已经体现得没法更清楚。自己仔细检查top中和其中各个被include的itp文件（以及被include的文件中include的文件），确保top中所有被include的文件（以及被include的文件中所include的各种文件）全被展开后，grompp最终看到的拓扑文件里字段顺序正确，即满足下面幻灯片里展示的顺序就完了。显然当前顺序若不合理就必须自己调整字段。一定要搞清楚拓扑文件里#include这种预处理指令是什么！这用来把一个文件里的全部内容插入到另一个文件里。

始终要牢记，grompp最终看到的拓扑文件的内容是所有被include的文件都完全展开后的！而不管有哪些itp文件！别再问某某某itp文件怎么样怎么样、无某某某itp文件这种问题，根本毫无意义。并且，不要问诸如 “我按照这个帖子处理了还不行” 这种问题，grompp出那种报错只可能字段顺序不对，没有任何其它可能，严格按我说的处理完了之后就必然没那个报错了。

如果你对gromacs的拓扑文件缺乏了解、始终稀里糊涂搞不明白，以及在GROMACS是初学者阶段，强烈建议参加上述培训班完整、系统性学一遍GROMACS，就一次性全都彻底明白了，节约巨量自己来来回回绕弯路、摸索上花费的宝贵时间！（往届培训资料可以随时购买，见以上培训介绍链接）

sunchao · 发表于 Post on 2024-6-18 17:46:39

topol.top (2.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

yibinchun.itp (8.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

sunchao · 发表于 Post on 2024-6-18 17:47:15

请问老师，这个是怎么处理呢

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-6-18 18:31:19

很常见的报错，看这个http://bbs.keinsci.com/thread-14401-1-1.html

12313 · 发表于 Post on 2024-6-30 20:08:36

各位老师好，我按照论坛首页的蛋白-配体分子分子动力学模拟流程进行，我的topol.top文件是这样的，MOL.itp是我用sobtop产生的配体分子的itp文件，posre.itp是gmx pdb2gmx指令生成的蛋白质限制势itp文件。配体分子的限制势我用gmx genrestr指令产生为posre_mol.itp文件，之后按照流程在MOL.itp文件的末尾进行了相关语句添加，如下图。

但是在我之后进行gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -o ions.tpr -p topol.top -maxwarn 1后，提示这样的错误，如下图

想问一下老师们，我是哪一步出错了？

student0618 · 发表于 Post on 2024-6-30 20:18:01

本帖最后由 student0618 于 2024-6-30 20:21 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Try to use the search function of this forum, this is a frequently asked question.

12313 · 发表于 Post on 2024-6-30 21:45:10

student0618 发表于 2024-6-30 20:18
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Try to use the search function of this forum, this i ...

好的，谢谢老师

dandanhu · 发表于 Post on 2024-8-21 20:13:42

本帖最后由 dandanhu 于 2024-8-21 20:12 编辑

各位老师，我想通过gromacs计算有机物小分子与聚合物的分子动力学，这两个分子（结构如下）的拓扑文件都通过Sobtop获得（由于聚合度较小，这两个分子都按照Sob老师给出的例2 ，基于GAFF力场获得）。

在建好盒子，溶剂化后，体系不带电荷未添加离子，直接进行能量最小化，运行 gmx grompp -f minim.mdp -c solv.gro -p topol.top -o em.tpr 命令报错

不知道是topol.top文件问题还是分子的itp文件的问题，烦请各位老师指教！

附上topol.top文件与itp文件

topol.top文件：
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
   1             2             yes          0.5    0.8333

#include "HPMCAS.itp"
#include "VEM.itp"

; Include water topology
#include "spc.itp"

[ system ]
HPMCAS in water

[ molecules ]
; Molecule    nmols
HPMCAS       4
VEM          6
SOL          32385

itp文件：

VEM.itp (25.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

HPMCAS.itp (232.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-8-22 00:37:26

VEM.itp的[atomtypes]出现在了HPMCAS.itp的[molecular type]之后
把两个文件的[atomtypes]字段合并后，放在topol.top文件中的[default]字段下面
看http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-4 17:02:53

本帖最后由 student0618 于 2024-10-4 20:29 编辑

建议将这帖置顶或放推荐主题。

ZZH0711 · 发表于 Post on 2024-11-26 10:57:19

各位老师，请问在对NaCl溶液进行能量最小化时，离子选用KBFF力场（https://kbff.chem.k-state.edu/），水分子选用oplsaa.ff力场，建立tpr文件时报错。top文件和报错信息如下所示。

暖身贴 · 发表于 Post on 2024-12-12 12:57:48

您好，我按照官网教程（蛋白配体复合物教程）模拟我自己的复合物，我使用的是amber99力场，sobtop生成了配体小分子的top、itp、gro文件，但是在添加离子那一步，输入命令gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr。就会报错
Fatal error:Syntax error - File topol.top, line 26
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

我又将拓扑文件进行修改，把
; Include ligand topology
#include "XAN1_fix.itp"两行，放到了
; Include forcefield parameters
#include "amber99.ff/forcefield.itp"下面，就会出现这个报错Fatal error:
There was 1 error in input file(s)。
想请问老师，这改如何解决，我找寻了好几天，仍被困在这里。

pkuchemistry · 发表于 Post on 2024-12-13 12:04:37

虽然这个问题搜到了一些帖子，而且被sob老师亲切定义为周经问题，但还是很confused，请已经解决的朋友们帮忙解决一下吧。
我做蛋白-小分子复合物的MD的时候，发现用gmx grompp -f ions.mdp -c protein_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 生成离子的tpr文件时候
出现了Fatal error:
Syntax error - File unk.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
的报错，
通过搜索帖子，有的说是把小分子itp文件里的[ atomtypes ]字段复制到top文件里的itp（前或者后，不确定，有人说前有人说后，都试过了），但还是出错。
参考sob老师提供的PPT截图，atomtypes在moleculetypes，小分子itp文件生成的参数顺序也没错。
所以，请教一下，这个周经问题到底如何解决呢？我的itp和top文件相关字段截图如下，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-13 12:25:37

我前面都使劲强调了，别管什么文件，只管所有被include的文件全都展开后都有什么字段，这么简单的事怎么就不理解呢！？

复制到top文件里的itp（前或者后

还在问itp文件前、后这种事，根本毫无意义，根本没好好认真理解我的话

暖身贴 · 发表于 Post on 2024-12-13 12:51:16

您好，我按照官网教程（蛋白配体复合物教程）模拟我自己的复合物，我使用的是amber99力场，sobtop生成了配体小分子的top、itp、gro文件，但是在添加离子那一步，输入命令gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr。就会报错
Fatal error:Syntax error - File XAN1_fix.itp, line 8
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes。

我将拓扑文件进行修改，把; Include ligand topology #include "XAN1_fix.itp"两行，放到了; Include forcefield parameters #include "amber99.ff/forcefield.itp"下面，就会出现这个报错
Fatal error:
There was 1 error in input file(s)。
想请问老师，这该如何解决，我找寻了好几天，仍被困在这里。

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[GROMACS] 老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错答疑专帖

运行时出现了Invalid order for directive atomtypes错误

蛋白配体复合物体系进行gmx grompp过程后提示配体的itp文件有错？

求助：能量最小化过程topol.top文件读取报错

使用KBFF力场时，提示出错。

报错Invalid order for directive atomtypes

请教一下itp文件中atomtype报错的问题

There was 1 error in input file(s)

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