计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 610|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] CP2K做NVT-AIMD时在几百步之后出现SCF无法收敛问题

[复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

519

eV
积分
554

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 Alset 于 2024-5-23 10:54 编辑

各位老师们好,

目前我在研究水分子于碳纳米管(碳原子固定)中的运动。在使用GROMACS得到平衡结构后,先用CP2K进行了几何优化(碳原子固定),作为后续NVT-AIMD模拟(碳原子固定)的初始结构。NVT-AIMD模拟一开始可以正常跑,但在~780步时出现SCF不收敛(最大步数128步)的问题,对.ener文件中的cons.qty作图,发现从这一步起能量发生巨大涨落,而势能和动能均看起来没有太大异常。

之前我使用了直径较小的碳纳米管进行同样的模拟时,并没有发生类似的问题,所以可能的原因以及解决方法是什么呢?


以下是一些参数设置,具体的还请查看附在文末的输入/输出文件。
输入文件为multiwfn产生;
PBE(D3)-TZV2P-MOLOPT-GTH;(抱歉,需要更正,使用的方法是revPBE(D3)-TZV2P-MOLOPT-GTH)
CUTOFF  300;
REL_CUTOFF  40;
PBC Z方向;

cnt-wt.rar

581.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 12

输入输出文件压缩包

cnt-wt-PBE-DZVP-CSVR.rar

1.63 MB, 下载次数 Times of downloads: 16

输入文件inp,输出文件.out,.xyz,.ener

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-5-21 15:18:58 | 只看该作者 Only view this author
TZV2P-MOLOPT-GTH跑动力学过于浪费,通常DZVP-MOLOPT-SR-GTH足矣,如果届时中途也遇上SCF难收敛,到时候再说
强烈建议热浴用CSVR
PSOLVER PERIODIC不兼容Z方向周期性,应当用XYZ
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

519

eV
积分
554

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 15:45:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-21 15:18
TZV2P-MOLOPT-GTH跑动力学过于浪费,通常DZVP-MOLOPT-SR-GTH足矣,如果届时中途也遇上SCF难收敛,到时候再 ...

目前的基组泛函选择(revPBE(d3)+tzv2p-molopt-gth)是参考了J. Phys. Chem. Lett. 2017, 8, 1545−1551和Nature volume 609, pages512–516 (2022)。我会用PBE+DZVP-MOLOPT-SR-GTH测试的。

PSOLVER PERIODIC 这里是我改错了,我在模拟时测试了是PBC XYZ + POISSON PERIODIC XYZ, 和 PBC Z + POISSON PERIODIC XYZ, 都出现了我提到的问题。

非常感谢您的回复和仔细检查!

35

帖子

0

威望

519

eV
积分
554

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-22 20:16:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-21 15:18
TZV2P-MOLOPT-GTH跑动力学过于浪费,通常DZVP-MOLOPT-SR-GTH足矣,如果届时中途也遇上SCF难收敛,到时候再 ...

老师您好,我在采用了PBE+DZVP-MOLOPT-SR-GTH的参数后仍然出现AIMD中间某些步SCF不收敛的问题。
此外还测试了减小步长、改变CUTOFF为400、改变控温为NoseHoover,均无法解决问题,目前正尝试检查体系的压力。想请教您是否还有什么建议呢?谢谢!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-5-23 04:39:22 | 只看该作者 Only view this author
Alset 发表于 2024-5-22 20:16
老师您好,我在采用了PBE+DZVP-MOLOPT-SR-GTH的参数后仍然出现AIMD中间某些步SCF不收敛的问题。
此外还 ...

前面说了,控温用CSVR。带了D3时必须写成PBE-D3
上传当前的输入文件、输出文件和轨迹文件压缩后也上传(超过5MB传网盘)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

519

eV
积分
554

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-23 10:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-23 04:39
前面说了,控温用CSVR。带了D3时必须写成PBE-D3
上传当前的输入文件、输出文件和轨迹文件压缩后也上传( ...

老师您好,我已经更新名为“cnt-wt-PBE-DZVP-CSVR.rar”的压缩包,里面包含了PBE(D3)-DZVP-MOLOPT-SR-GTH和CSVR控温的输入输出文件,麻烦您查看,谢谢!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2024-5-24 04:52:48 | 只看该作者 Only view this author
Alset 发表于 2024-5-23 10:56
老师您好,我已经更新名为“cnt-wt-PBE-DZVP-CSVR.rar”的压缩包,里面包含了PBE(D3)-DZVP-MOLOPT-SR-GTH ...

把对角化改成OT

跑AIMD我一般都建议默认用OT

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

519

eV
积分
554

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-24 17:21:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-24 04:52
把对角化改成OT

跑AIMD我一般都建议默认用OT

感谢您的建议!使用OT模拟可以顺利运行了!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 13:02 , Processed in 0.176765 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list