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[Lammps] 关于计算两个group之间的静电势能和范德华能

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请问老师们,通过lammps计算体系中两类分子的静电势能和范德华能,用来评估库伦力和范德华力对两类分子吸附的贡献,请问如何实现?
常规输出的都是体系的总能量,什么样的方式能够实现两个group之间的两种能量结果输出呢?
另外一个问题,关于pi-pi共轭,听sob老师说主要的本质是色散作用,是不是可以归到范德华力那一块?分子动力学模拟要如何体现或者量化出pi-pi堆积效应的存在呢?
谢谢老师们!

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发表于 Post on 2024-5-30 15:10:57 | 只看该作者 Only view this author
lammps的情况我不清楚,gromacs可以定义能量组来得到组间的静电作用和范德华作用能

是。所有主流的分子力场都可以至少定性合理描述pi-pi作用。对pi-pi作用的局部片段间计算范德华作用能就可以衡量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-30 22:08:45 | 只看该作者 Only view this author
rerun已经做好的模拟,新的in文件里加上compute group/group
这个rerun把电荷删掉得到的就是LJ,把LJ参数设为0得到的就是静电
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-31 10:18:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-30 15:10
lammps的情况我不清楚,gromacs可以定义能量组来得到组间的静电作用和范德华作用能

是。所有主流的分子 ...

谢谢社长,想再细问一下,对pi-pi作用的局部片段间计算范德华作用能,这个局部片段具体是指的什么片段呀,比如氧化石墨烯,就是只group计算本体的C原子,不考虑进去外接的官能团,计算与其他芳香族的分子的范德华作用能?还有衡量指标是多少大小能说明存在pi-pi作用呀?能不能请社长细说一下,谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-31 10:50:45 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2024-5-30 22:08
rerun已经做好的模拟,新的in文件里加上compute group/group
这个rerun把电荷删掉得到的就是LJ,把LJ参数 ...

谢谢老师,这个方法不错!

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发表于 Post on 2024-6-1 10:15:34 | 只看该作者 Only view this author
xiao_buaa 发表于 2024-5-31 10:18
谢谢社长,想再细问一下,对pi-pi作用的局部片段间计算范德华作用能,这个局部片段具体是指的什么片段呀 ...

诸如石墨烯吸附多环芳烃衍生物,就只把石墨烯和被吸附分子的pi区域(多环芳烃区域的碳)的原子纳入到统计里

没有大小标准,pi-pi作用用Multiwfn直接可视化一看便知。参考
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.com/667http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
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18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
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发表于 Post on 2025-1-2 21:34:39 | 只看该作者 Only view this author
xiao_buaa 发表于 2024-5-31 10:50
谢谢老师,这个方法不错!

你好,请问具体lammps中的代码可以分享下嘛

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发表于 Post on 2025-7-31 15:23:09 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2024-5-30 22:08
rerun已经做好的模拟,新的in文件里加上compute group/group
这个rerun把电荷删掉得到的就是LJ,把LJ参数 ...

请问下老师,rerun是读取dump文件也就是轨迹,那是直接在原in文件中增加compute和rerun命令并且删除run就行吗?
由于修改LJ和charge参数是在原data文件中,那rerun的in文件里是不是还需要read_data?rerun读取dump文件会和前面read_data冲突吗?
具体操作的时候有一些疑问,恳请老师解惑,非常感谢!

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