审稿意见求助

teller3531

老师们好，请教各位老师几个问题，我有片小文章审稿人提了几点问题，不是很懂还望各位老师能帮忙解决下。文章主要算的共轭分子自聚机理实验用了NCI方法，但是由于初始堆积方式比较多，我就先用packmol产生了初始结构，然后跑了下MD，现在审稿人的问题是 I.3 The idea of using MD simulations to obtain dimer configurations for subsequent optimization is a decent one. However, many crucial details on the procedure are missing. For example, all the MD simulation details (force-field, time step ...). If only a single dimer configuration was eventually taken for the analysis what was the point of MD sampling? 这个问题除了补充具体细节，还要怎么回答，我使用packmol和MD就是想得到堆积能量最低的结构，然后再用orca计算，也不知道这样的想法对不对。还有一个问题是为了考察溶剂效应，我使用了screening model (COSMO)，但是审稿人说 Simulation in two implicit solvent environments with very close (and low!) polarities such as toluene and n-Heptane cannot reproduce the experimental solubility. Explicit all atom MD (perhaps, even with a polarizable force-field) could be of use here. One would naively expect that toluene should compete for the stacking interactions in contrast to n-Heptane. 这个我用的量化计算审稿人说simulation，还有就是量化的隐形溶剂模型是不是本身就有缺陷，如果有这个问题有该如何回答

还望各位老师不惜赐教啊。

liyuanhe211

第一问一是让你提供MD模拟的具体细节，你就按你做的写上去就好了。然后问你是不是只去了一个构象做优化，如果你确实只从MD里拎出一个来做了一下，我觉得确实不太合适，应该多试几个结构，用（哪怕是低级的）量子计算，确定你所用的确实是能量最低的。

第二问问你不能重复实验上的溶解度是具体什么实验现象？如果能找到类似文献也用COSMO就找了引一下就完了。

teller3531

谢谢李老师的回答，我取了不同的构型，但是在优化后得到的构型都是一样的。但是实验过程中有个问题就是在用packmol得到最初的构型时，盒子边长在30-50A间变化时，packmol参生的结构都是相同的。
packmo是不是也相当于sob老师的moleculs，来做构型搜索的吗？

wbn

我没有研究过packmol的算法，但是感觉他就是根据你设定的distance tolerance 把分子铺满盒子。显然这不适合做构型搜索，真正的构型搜索还是在MD这个过程。

sobereva

如果你是通过packmol建立初始结构，然后MD模拟，从中取了一些帧的结构，都做了优化，发现最后都成为了相同构型，那么这个情况必须说明，免得人家误以为你只是从MD中直接只取了一帧结构来优化。

第二个问题不知道你文章具体怎么研究怎么算的，不好说。

teller3531

谢谢sob老师了，我做的沥青质（一般还有4-10苯环并在一起，边缘连有长链的大分子）二聚体自聚机理，以前实验和理论研究都表明它在甲苯还是庚烷中都会形成二聚体，只不过在自聚体庚烷中更稳定。