做有机聚合物对于金属离子的吸附的研究，分子动力学力场参数拟合问题

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-6-4 22:50:19

各位老师我最近在做有机聚合物对于金属离子的吸附的研究，但是我发现，我目前使用的力场参数似乎并不能很好的描述金属离子和吸附位点的相互作用，所以有几个问题我想问一下大家
（1）我想问一下大家有没有办法针对这种情况进行力场参数拟合呢？（比如参照文献中常见的配位构型，专门优化金属离子和配位原子之间相互作用的力场参数呢？我的金属原子是Fe离子，聚合物上吸附位点是CONH2上的O、N原子，有没有什么办法进行优化呢？）
（2）我在用ATB和Ligpargen这些辅助工具生成力场的时候发现，像一些接在N原子上的H或者O上的H的LJ参数pair coeff 为0，这时候因为H的LJ定义为0很容易造成H原子和一些带负电的原子过分靠近重合而报错，这个有什么办法解决吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-5 02:45:15

这有显著的配位作用，靠普通的非键作用函数形式不可能描述理想。该跑AIMD跑AIMD

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-6-14 10:34:19

sobereva 发表于 2024-6-5 02:45
这有显著的配位作用，靠普通的非键作用函数形式不可能描述理想。该跑AIMD跑AIMD

好的，谢谢老师

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[综合交流] 做有机聚合物对于金属离子的吸附的研究，分子动力学力场参数拟合问题