求助，请教如何绘制VMD的轨迹时间刻度，外加金属原子是否固定的问题?

不会扣篮的后卫

大家好。我打算按照这篇文章Compression of Organic Molecules Coupled with Hydrogen BondingExtends the Charge Carrier Lifetime in BA2SnI4的图片画一个轨迹的时间刻度表。
如下图所示，

问题1.请问大家，这个轨迹的时间刻度表可以由VMD直接生成吗？

问题2.在我自己的计算中（Na原子在孤立体系C60里的运动轨迹)。
第一步为红色的Na原子的time step轨迹帧数，

最后一步为蓝色的Na原子的time step轨迹帧数，
，
结合所有帧数是这样的。

请问大家，可以把第一步的time step帧数的Na原子的颜色变成蓝色，最后一步的time step帧数的Na原子的颜色变成红色吗（像上面的文章那样设计）？

问题3.通过问题2中结合所有帧数的图片，我发现Na原子在C60里面的运动轨迹是无序性的。
但是发现了这篇文章Ultrafast transfer and transient entrapment of photoexcited Mg electron in Mg@C60的内容，感觉Mg原子在MD的计算中，保持固定的位置。
如下图所示，

请问大家觉得这篇文章中，Mg原子在MD的计算中是一直处于固定的中心位置吗？

sobereva

色彩刻度条自行ps

graphics - color - color scale里自己改

模拟的时间尺度、体系都不一样

不会扣篮的后卫

sobereva 发表于 2024-6-5 12:52
色彩刻度条自行ps

graphics - color - color scale里自己改

谢谢卢老师！