求助做Ni表面的C2H6的吸附时，在优化过程中Ni会向上散开

桂の猿 · 发表于 Post on 2024-6-5 12:46:41

各位老师好

我在做Ni表面的C2H6的吸附时过程如下
1.建立Ni的模型（15Ax15Ax10A）,
2.在Ni上方预留10A高度的真空区
3.在18A的高度位置加入C2H6分子
4.进行结构优化（geo-opt）

我选用的是XY的周期性边界条件
模拟基组和赝势如下：
&KIND C
   ELEMENT C
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND H
   ELEMENT H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND Ni
   ELEMENT Ni
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q18
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND

同时，加入了色散矫正dftd3

但是在优化过程中，Ni会向上散开，请问为什么会这样？

是否在吸附计算结构优化时，应该把Ni进行固定？

谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-5 13:03:23

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “CP2K中吸附计算的结构优化” 改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-5 13:09:04

直接上传个输入文件就完了，有没有其它硬伤别人也能看得出来，用不着去猜，也省得你去描述。并且直接把优化完的结构贴出来。

桂の猿 · 发表于 Post on 2024-6-5 13:20:11

本帖最后由桂の猿于 2024-6-5 13:30 编辑

谢谢Sob老师

我已经把Ni的优化文件上传。

第一个文件是Ni的优化
第二个是整体吸附的优化

我在做第二个时发现散开，所以现在单独出Ni优化

谢谢老师

桂の猿 · 发表于 Post on 2024-6-5 13:22:07

sobereva 发表于 2024-6-5 13:03
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢sob老师提醒，我已经认真阅读公告，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-6 00:50:31

看了absorp.inp，当前的盒子z方向尺寸明显不够满足MT的要求。强烈建议用Multiwfn产生CP2K输入文件，能很大程度避免犯这种低级错误的可能。并且注意监控SCF收敛情况，基于很烂的波函数算的受力也会很烂，结构变化行为也会很恶心

桂の猿 · 发表于 Post on 2024-6-6 11:36:42

sobereva 发表于 2024-6-6 00:50
看了absorp.inp，当前的盒子z方向尺寸明显不够满足MT的要求。强烈建议用Multiwfn产生CP2K输入文件，能很大 ...

谢谢sob老师，好的，我用Multiwfn生在，同时，也希望问以下，Z方向尺寸应该如何满足MT要求

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-7 00:00:32

桂の猿发表于 2024-6-6 11:36
谢谢sob老师，好的，我用Multiwfn生在，同时，也希望问以下，Z方向尺寸应该如何满足MT要求

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）这页ppt：

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[CP2K] 求助做Ni表面的C2H6的吸附时，在优化过程中Ni会向上散开