sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-6 23:03:15

sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建MOF和COF体系的GROMACS拓扑文件用的原子电荷我最推荐CP2K算的REPEAT电荷，但需要研究者会CP2K基本使用、安装CP2K。今天刚看到JCTC上有一篇新文章https://doi.org/10.1021/acs.jctc.4c00434，介绍了称为PACMAN的基于机器学习快速预测MOF和COF体系的原子电荷的方法，其中提供了在线预测程序，只要提供cif文件，就可以快速预测REPEAT、AIM、CM5等原子电荷。文中测试表现得不错，绝大多数预测的原子电荷和严格方式计算的相应类型的原子电荷的误差都在零点零几的程度。因此，不会用CP2K者也可以靠这个计算sobtop+GROMACS模拟MOF和COF的原子电荷了（但有条件的话还是争取以严格方式计算，免得这个预测方法在个别体系上得到误差较大的结果）。

网站是https://pacman-charge-mtap.streamlit.app/。上传cif即可在半分钟内得到含有原子电荷的cif文件。比如我上传了

MOF5.cif (34 KB, 下载次数 Times of downloads: 71)

qmlearner · 发表于 Post on 2026-3-6 18:28:35

老师请问下，我要研究MOF与聚合物的界面性质，需要建立MOF slab表面模型，就是沿着某个晶面切一个表面模型，另外我还想考察下在MOF 有机配体上接上一些官能团的情况，请问下这种slab模型的拓扑也可以用sobtop来创建吗？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-7 02:14:31

qmlearner 发表于 2026-3-6 18:28
老师请问下，我要研究MOF与聚合物的界面性质，需要建立MOF slab表面模型，就是沿着某个晶面切一个表面模型 ...

可以

qmlearner · 发表于 Post on 2026-3-7 15:31:42

sobereva 发表于 2026-3-7 02:14
可以

谢谢老师：）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN

评分 Rate