计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 411|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助,使用sobEDA时,忘记将输出结果重定向到文件中

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

427

eV
积分
433

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师,我在使用sobEDA做能量分解时忘记把结果重定向到新文件,算完时又不小心关闭了终端,导致计算的结果丢失。由于计算时间较长,不想重新算,而向根据已有的文件直接算出结果。我尝试将sobEDA.sh中关于计算的部分删掉,只保留最后输出能量的部分(##### Show detailed energy variations #####以后的部分)运行sobEDA.sh,但是输出的结果全是0。本人对脚本的修改不是很懂,希望大家帮忙解决,谢谢!
附件是sobEDA所有输出文件,由于大小限制,删除了所有fch文件。

sobEDA输出文件.rar

262.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-6-15 17:56:55 | 只看该作者 Only view this author
sobEDA的脚本文件里把irun设为0然后重新运行脚本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

6

帖子

0

威望

427

eV
积分
433

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-15 18:46:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-15 17:56
sobEDA的脚本文件里把irun设为0然后重新运行脚本

重运行后:
Total interaction energy:   -509.90 kcal/mol

Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
Electrostatic (E_els):   -489.08 kcal/mol
Exchange (E_x):   -408.88 kcal/mol
Pauli repulsion (E_rep): 4229649.49 kcal/mol
Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep): 4229240.61 kcal/mol
Orbital (E_orb):      0.00 kcal/mol
DFT correlation (E_DFTc):    -89.28 kcal/mol
Dispersion correction (E_dc):   -122.77 kcal/mol
Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc):   -212.05 kcal/mol

Variant of sobEDA for weak interaction (sobEDAw):
Note:   84.25% DFT correlation is combined with dispersion correction to yield a SAPT-like dispersion term
Electrostatic (E_els):   -489.08 kcal/mol
Exchange-repulsion (including scaled DFT correlation): 4229226.55 kcal/mol
Orbital (E_orb):      0.00 kcal/mol
Dispersion (E_disp):   -197.99 kcal/mol

E_rep和E_orb显然是有问题的,E_els和E_disp没问题,请老师帮忙看看是哪里出问题了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-6-15 19:50:57 | 只看该作者 Only view this author
Nannan27 发表于 2024-6-15 18:46
重运行后:
Total interaction energy:   -509.90 kcal/mol

输出文件结合脚本内容判断

不行就重算完了。折腾的功夫重算都算完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

136

帖子

3

威望

4186

eV
积分
4382

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2024-8-26 09:26:47 | 只看该作者 Only view this author
下载了你的输入文件来看看,首先是看那个输入构象,稠环之间的距离有可能太近了导致repulsive能量巨大。然后是能避免用SCF=QC就尽量避免用QC的SCF

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 00:52 , Processed in 0.173071 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list