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[GROMACS] 求助gmx make_ndx将蛋白和配体组合并保存之后算RMSD时没有出现该有的组

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通过gmx_make_ndx指令将蛋白和配体组合并保存之后生成的index.ndx文件中有Pro_LigandGroup 18数据
但是在后续步骤生成RMSD.xvg的选项中没有group 18.
诚心求教各位大佬哪一块出了问题。

QQ截图20240618190614.png (48.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

gmx rms

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发表于 Post on 2024-6-18 19:24:01 | 只看该作者 Only view this author
你是不是在gmx rms的命令里没-n index.ndx?

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发表于 Post on 2024-6-18 19:49:05 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白质_配体的RMSD生成” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 21:42:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-18 19:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

感谢巨佬提醒,以后会注意的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 21:42:28 | 只看该作者 Only view this author
Dempey 发表于 2024-6-18 19:24
你是不是在gmx rms的命令里没-n index.ndx?

感谢解答,问题就是在这。谢谢

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发表于 Post on 2024-7-17 18:57:37 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问你是要计算复合物的RMSD值吗?请问你在最小二乘和RMSD计算选择的组别分别是多少呢?

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