GROMACS分子动力学服务器配置请教

Zoeycta · 发表于 Post on 2024-6-21 21:24:44

各位老师好，小白两个月前参加科音14届分子动力学培训班才开始学习GROMACS，当前课题主要需利用MD模拟计算聚合物体系的成核结晶过程，一般对聚合物采用粗粒化或联合原子模型，每条聚合物链长在500以内，所跑步数在1.0E+07~1.0E+08左右。由于本人所在组是一个纯实验组，导师目前对计算化学仍持观望态度（甚至当时没同意我公费参加GROMACS培训班，我是自费参加的），不会投资很多经费在买配置上。
幸运的是，导师的一名好友（专做量子化学，计算反应过程中DFT能级变化）最近从我校辞职跳槽，经过我和这位老师的沟通，他同意可以送给我们组一台如下配置的服务器：戴尔(DELL)T7910塔式工作站(E52609V4*2/8G*2/2T+256G固态/DVDRW)M2000-4G独显/键鼠)。小白自查Sob计算机配置博文并没有看到M2000显卡的相关性能，所以在此想咨询各位老师，在该配置的服务器上用GROMACS跑聚合物结晶的动力学，还建议用GPU加速吗？如果只用CPU跑，每个体系的动力学是否可以控制在5天左右？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-21 23:47:13

这个工作站已经属于废铁废硅，二手出售也就几百块钱，给专门做计算的人白给可能都不要。这GPU只是亮机卡的水平，GPU加速就别想了

直接告诉导师，要是让你做这方面就起码买个下面说的GPU加速机子，要么干脆就别让你做这个方向。巧妇难为无米之炊
计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444

Zoeycta · 发表于 Post on 2024-6-22 00:16:06

sobereva 发表于 2024-6-21 23:47
这个工作站已经属于废铁废硅，二手出售也就几百块钱，给专门做计算的人白给可能都不要。这GPU只是亮机卡的 ...

好的，谢谢Sob

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