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本帖最后由 Alset 于 2024-7-1 20:48 编辑
各位老师们好,
我打算用cp2k对64个水分子体系进行振动分析计算。计算级别是revPBE(D3)+TZV2P-MOLOPT-GTH。但是在任务运行片刻后出现了内存不足的报错。
我参考公社上过往的帖子,将提交命令改为mpirun -np 2 -env OMP_NUM_THREADS=16 cp2k.psmp vib.inp |tee vib.out (如果使用-x而非-env会出现报错),同时.inp文件NPROC_REP 为1,提交会报错,只有-np为1时可以正常跑下去,但是速度极慢。我使用free -m | grep '^Mem' >> mem.log对内存使用情况进行检测,mem.log记录到最后的内存使用为220GB,已经十分接近节点最大内存256GB。
还有一个问题是,我准备了不同的样本(在不同压力下进行几何优化,其余设置完全相同),部分样本可以正常运行振动分析,不会出现内存问题,而个别则会出现内存问题。
请问各位老师有什么建议吗?
输入、输出文件,提交脚本以及内存监测文件都已经贴在附件。
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mem.log
9.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 2
内存监测
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vib.inp
3.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 4
输入文件
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vib.out
69.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 1
输出文件
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run-cp2k.sh
449 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2
提交脚本
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