gmx_MMPBSA对蛋白配体复合物体系进行氨基酸残基能量分解，没有对配体残基进行分解

12313 · 发表于 Post on 2024-7-3 12:05:31

本帖最后由 12313 于 2024-7-3 12:09 编辑

各位老师好，我使用gmx_MMPBSA对蛋白配体复合物体系进行了氨基酸贡献的自由能分解，这是我用gmx_MMPBSA_ana打开的数据结果图

但是配体MOL的残基没有进行分解，不知道是什么原因，下面是我运行gmx_MMPBSA所用mmpbsa.in的能量分解部分
# Energy decomposition namelist variables
&decomp
  idecomp    = 2
  dec_verbose = 3
  print_res    = "within 6"
想问一下各位老师？

jackshoulder · 发表于 Post on 2025-5-19 11:15:10

你的配体是小分子，是一个整体，你还是怎么进行分解，分解到具体的原子或者基团上吗？目前没有哪个程序能做到这一点，如果你非要将小分子继续分解到具体的原子或者基团，那你写个index吧，创建新的组，然后挨个挨个计算

student0618 · 发表于 Post on 2025-5-19 11:41:16

jackshoulder 发表于 2025-5-19 11:15
你的配体是小分子，是一个整体，你还是怎么进行分解，分解到具体的原子或者基团上吗？目前没有哪个程序能做 ...

他那个是多肽，以前分几个帖来问的，所以不是所有帖都有回覆。

jackshoulder · 发表于 Post on 2025-5-19 13:58:21

student0618 发表于 2025-5-19 11:41
他那个是多肽，以前分几个帖来问的，所以不是所有帖都有回覆。

咋还有这种整法，发几个贴来问

KanbeKotori · 发表于 Post on 2025-5-19 16:37:26

既然你说了配体残基，那我就按多肽理解。
这是把多肽一整个标识成MOL来做了。你需要修改top以及gro，具体来说，top的molecules的atoms部分你需要参考蛋白里的氨基酸那样对每一个片段进行划分，然后gro修改命名。
或者做对每个片段做index。

我去怎么是洛阳铲

jackshoulder · 发表于 Post on 2025-5-19 19:47:28

KanbeKotori 发表于 2025-5-19 16:37
既然你说了配体残基，那我就按多肽理解。
这是把多肽一整个标识成MOL来做了。你需要修改top以及gro，具体 ...

是的，支持你的做法

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