基于python把sobtop输出的itp文件中的charge改为cp2k输出的REPEAT电荷的脚本

Eudaimonia

在做周期性体系模拟的时候，使用cp2k计算力常数和电荷给模型使用是比较划算的做法，但是目前sobtop没法读取cp2k输出的电荷，需要手动更改itp文件中的对应项目，当结构较大时修改会非常麻烦
写了一个脚本可以直接读取并进行替换
使用指南：
1. 把cp2k计算输出的REPEAT电荷文件（名字为*-RESP_CHARGES.resp的文件）和sobtop生成的itp文件放在同一个目录下
2. 运行脚本，输入目录路径会进行替换，并且会在目录下生成tem.txt和out.txt，分别对应itp文件中[atom]下的内容（去除表头）和对电荷部分进行替换后的数据，并且会对原itp文件进行修改替换
注意：
1. 需要python安装pandas模块
2. 电荷内的原子排序需要和itp内的原子排序一致，直接用相同的cif文件进行REPEAT电荷计算以及转化为PDB给sobtop生成itp文件应该默认排序是一致的

nianbin

您好，请问我想做个晶胞5*5*1的体系的话，计算电荷时，计算晶胞就可以，还是也要计算5*5*1扩胞后的体系？

Eudaimonia

nianbin 发表于 2024-7-12 20:11
您好，请问我想做个晶胞5*5*1的体系的话，计算电荷时，计算晶胞就可以，还是也要计算5*5*1扩胞后的体系？

我也在摸索怎么做，按照sobtop上的教程，算单胞以后把电荷和键连关系写到assign_AT.dat里面即可，但是我目前还在看assign_AT.dat里的键连关系怎么处理，不同电荷的同类原子电荷怎么指定

如果你没有这方面的问题的话，需要计算551的超晶胞再进行替换