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[新手求助] Hess2freq源码中读入Hessian矩阵如何理解

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楼主
各位老师,我是一个量化的新手,目前想通过http://sobereva.com/328中sob写的Hess2freq搞清楚振动频率是如何通过Hessian矩阵计算得到的。目前,我对以下的代码段有一些疑问。
  1. !Load Hessian matrix
  2. allocate(Hess(nmodeall,nmodeall))
  3. Hess=0
  4. call loclabel(10,"Cartesian Force Constants")
  5. read(10,*)
  6. read(10,"(5(1PE16.8))") ((Hess(i,j),j=1,i),i=1,nmodeall)
  7. Hess=Hess+transpose(Hess)
  8. do i=1,nmodeall
  9.         Hess(i,i)=Hess(i,i)/2D0
  10. end do
  11. close(10)
  12. ! call showmatgau(Hess,"Hessian matrix",1)
复制代码
我的理解,该段代码应该是从Cartesian Force Constants字段下提取值放到Hess这个二维数组中,Hess这个二维数组中应该放入nmodeall*nmodeall个元素,但是我看过Hess2freq程序文件夹下的examples中两个例子的fch文件中Cartesian Force Constants下的值的个数不是nmodeall*nmodeall个(我认为Hessian矩阵应该是有nmodeall*nmodeall个值),请问各位老师我是哪儿理解错了吗?谢谢各位老师。附件中为两个例子的fch文件。

ethanol.fch

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H2CO_TS.fch

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发表于 Post on 2024-7-13 21:28:41 | 只看该作者 Only view this author
Hessian矩阵是对称矩阵,fch只记录了其三角部分,hess2freq直接读的也是按三角矩阵读的,然后再产生完整的Hessian矩阵
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-13 21:37:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-13 21:28
Hessian矩阵是对称矩阵,fch只记录了其三角部分,hess2freq直接读的也是按三角矩阵读的,然后再产生完整的H ...

谢谢sob老师的解答,懂啦!

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