计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 653|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 高斯优化产物结构时,出现Error termination in NtrErr: NtrErr Called from Fil...

[复制链接 Copy URL]

1

帖子

0

威望

17

eV
积分
18

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师,我在计算反应优化产物结构时,遇到了 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO的问题,学习论坛中的帖子后,增大了运行内存,并加了scf=qc,将高斯版本由D换为B,这是之前报错的log文件部分内容,恳请各位老师能不能指导一下,看看问题出在哪里,谢谢!
Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                30-Jul-2024
******************************************
%chk=ts0613-f-irc-p2.chk
%nprocshared=128
Will use up to  128 processors via shared memory.
%mem=128GB
------------------------------------------
#p opt freq 6-311+g(d) m062x int=ultrafine


Leave Link  103 at Tue Jul 30 15:37:01 2024, MaxMem= 17179869184 cpu:       450.3
(Enter /work/share/act0qnn1ue/soft/g09/l202.exe)
Stoichiometry    C20H27O4P
Framework group  C1[X(C20H27O4P)]
Deg. of freedom   150
Full point group                 C1      NOp   1
RotChk:  IX=3 Diff= 3.49D-01
Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1         15           0        0.010037    0.126863   -1.173407
      2          8           0        1.358751    0.709406   -1.804486
      3          8           0       -0.797734    1.418742   -0.740078
      4          8           0        0.468739   -0.448105    0.263246
      5          6           0        2.423068    1.194956   -1.050855
      6          6           0        3.671861    0.644580   -1.299462
      7          6           0        2.235232    2.179065   -0.091141
      8          6           0        4.760021    1.084113   -0.556561
      9          1           0        3.765399   -0.130867   -2.050458
     10          6           0        3.333766    2.604985    0.650087
     11          1           0        1.245425    2.588998    0.073720
     12          6           0        4.593400    2.059412    0.423442
     13          1           0        5.738418    0.654073   -0.736984
     14          1           0        3.200803    3.370209    1.406403
     15          1           0        5.443351    2.396145    1.005423
     16          6           0        1.510406   -1.361331    0.395917
     17          6           0        2.424252   -1.116027    1.411675
     18          6           0        1.631346   -2.457211   -0.447925
     19          6           0        3.491861   -1.987033    1.581558
     20          1           0        2.298654   -0.235735    2.031644
     21          6           0        2.712699   -3.316512   -0.269267
     22          1           0        0.897743   -2.624069   -1.228631
     23          6           0        3.641898   -3.086371    0.739349
     24          1           0        4.214424   -1.799412    2.367476
     25          1           0        2.821174   -4.173945   -0.923565
     26          1           0        4.479261   -3.761658    0.870924
     27          6           0       -2.229891    1.334947   -0.540627
     28          1           0       -2.664283    0.882590   -1.432517
     29          1           0       -2.558133    2.373787   -0.467388
     30          6           0       -2.583364    0.558030    0.720330
     31          1           0       -2.221744   -0.471865    0.590810
     32          6           0       -4.106967    0.503202    0.886970
     33          1           0       -4.488916    1.518751    1.057218
     34          1           0       -4.333067   -0.059390    1.798003
     35          6           0       -4.860158   -0.140777   -0.278934
     36          1           0       -4.844525    0.516004   -1.155655
     37          1           0       -4.348733   -1.063138   -0.581232
     38          6           0       -6.313699   -0.454542    0.068493
     39          1           0       -6.809830    0.461210    0.409752
     40          1           0       -6.339031   -1.149035    0.915336
     41          6           0       -7.081243   -1.049237   -1.108359
     42          1           0       -8.114391   -1.279897   -0.840877
     43          1           0       -7.102998   -0.356032   -1.953280
     44          1           0       -6.611787   -1.973796   -1.454198
     45          6           0       -1.887335    1.166065    1.944132
     46          1           0       -0.838518    1.350364    1.698595
     47          1           0       -2.336280    2.144554    2.156531
     48          6           0       -1.949796    0.279121    3.185151
     49          1           0       -1.387695    0.721869    4.009903
     50          1           0       -2.972310    0.125994    3.535961
     51          1           0       -1.515115   -0.702457    2.977230
     52          8           0       -0.688755   -0.812893   -2.051544
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):      0.3603674      0.1151015      0.1083745
Leave Link  202 at Tue Jul 30 15:37:01 2024, MaxMem= 17179869184 cpu:         7.4
(Enter /work/share/act0qnn1ue/soft/g09/l301.exe)
Standard basis: 6-311+G(d) (5D, 7F)
Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
There are   664 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   639 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   639 basis functions,  1049 primitive gaussians,   664 cartesian basis functions
    97 alpha electrons       97 beta electrons
       nuclear repulsion energy      2513.7456658804 Hartrees.
IExCor= 4336 DFT=T Ex+Corr=M062X ExCW=0 ScaHFX=  0.540000
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000 ScalE2=  1.000000  1.000000
IRadAn=      5 IRanWt=     -1 IRanGd=            0 ICorTp=0 IEmpDi=  4
NAtoms=   52 NActive=   52 NUniq=   52 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Leave Link  301 at Tue Jul 30 15:37:01 2024, MaxMem= 17179869184 cpu:         1.6
(Enter /work/share/act0qnn1ue/soft/g09/l302.exe)
NPDir=0 NMtPBC=     1 NCelOv=     1 NCel=       1 NClECP=     1 NCelD=      1
         NCelK=      1 NCelE2=     1 NClLst=     1 CellRange=     0.0.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   639 RedAO= T EigKep=  1.30D-06  NBF=   639
NBsUse=   639 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   639
Precomputing XC quadrature grid using
IXCGrd= 4 IRadAn=           5 IRanWt=          -1 IRanGd=           0 AccXCQ= 0.00D+00.
Generated NRdTot=       0 NPtTot=           0 NUsed=           0 NTot=          32
NSgBfM=   640   641   643   643   643 MxSgAt=    52 MxSgA2=    52.
Leave Link  302 at Tue Jul 30 15:37:02 2024, MaxMem= 17179869184 cpu:       161.9
(Enter /work/share/act0qnn1ue/soft/g09/l303.exe)
DipDrv:  MaxL=1.
Leave Link  303 at Tue Jul 30 15:37:03 2024, MaxMem= 17179869184 cpu:        29.8
(Enter /work/share/act0qnn1ue/soft/g09/l401.exe)
Lowest energy guess from the checkpoint file:  "EHDPi-ts0613-f-irc-p2.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.999985    0.005283    0.000232   -0.001055 Ang=   0.62 deg.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.992771   -0.119223   -0.002814    0.013544 Ang= -13.79 deg.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
CkInt1:  FT= 6.31D-02
Max alpha theta= 44.693 degrees.
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      408321 IPos=           0 Q=   47906238715208


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    83 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =    35738112 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base          6867136       6366208       3999232        474112        183296       3183616
End           6867456       6662656       4002816        476160        184320       3184640
End1          6867456       6662656       4002816        476160        184320       3184640
Wr Pntr       6867136       6364160       3998720        474112        183296       3183616
Rd Pntr       6867136       6364160       3998720        474112        183296       3183616
Length            320        296448          3584          2048          1024          1024

Number              0             0             0             0             0             0
Base          3389440       3395584       3587584        487424       7276032       6252032
End           3394560       3396096       3589632        488448       7683584       6362112
End1          3394560       3396096       3589632        488448       7683584       6362112
Wr Pntr       3389440       3395584       3587584        487424       6867136       6358528
Rd Pntr       3389440       3395584       3587584        487424       6867136       6358528
Length           5120           512          2048          1024        407552        110080

Number              0             0           501           502           503           508
Base          8908288      26499437         43520        468992        180224        488448
End          26084864      35738112         44520        474055        180693        488478
End1         26084864      35738112         44544        474112        180736        488960
Wr Pntr       9316609      26499437         43520        468992        180224        488448
Rd Pntr       8970271      26499437         43520        468992        180224        488448
Length       17176576       9238675          1000          5063           469            30

Number            511           514           515           516           517           518
Base           317952       1921024       1102848        488960       3148800       2534912
End            355629       2125504       1920768       1102400       3182028       3148352
End1           355840       2125824       1921024       1102848       3182080       3148800
Wr Pntr        317952       1921024       1102848        488960       3148800       2534912
Rd Pntr        317952       2125504       1102848        488960       3148800       2534912
Length          37677        204480        817920        613440         33228        613440

Number            520           521           522           523           524           526
Base           486912        463872       6364160       3182080       3590656       5435392
End            486922        463907       6364799       3183358       3998977       5843074
End1           487424        464384       6365184       3183616       3999232       5843456
Wr Pntr        486912        463872       6364798       3182080       3998977       5435392
Rd Pntr        486912        463872       6364160       3182080       3998977       5435392
Length             10            35           639          1278        408321        407682

Number            528           530           532           534           536           538
Base          4002816       3184640       4207616       4820992       5025792       5230592
End           4207296       3389120       4412096       5025472       5230272       5435072
End1          4207616       3389440       4412416       5025792       5230592       5435392
Wr Pntr       4002816       3184640       4207616       4820992       5230272       5435072
Rd Pntr       4002816       3184640       4207616       4820992       5025792       5230592
Length         204480        204480        204480        204480        204480        204480

Number            551           552           559           561           562           563
Base           461824        460800         75264        462336        454144       3394560
End            461862        460832         75266        462337        460764       3395199
End1           462336        461312         75776        462848        460800       3395584
Wr Pntr        461824        460800         75264        462336        454144       3394560
Rd Pntr        461862        460800         75264        462336        460764       3394560
Length             38            32             2             1          6620           639

Number            565           571           575           577           579           580
Base           476160       6662656        185856         76288        461312         72192
End            476398       6867136        317507         76340        461364         73495
End1           476672       6867136        317952         76800        461824         73728
Wr Pntr        476160       6662656        185856         76288        461312         72192
Rd Pntr        476160       6662656        185856         76340        461312         72192
Length            238        204480        131651            52            52          1303

Number            581           582           583           584           598           603
Base            73728       6362112         75776        476672         76800       3589632
End             75103       6364029         75829        476984         76803       3589633
End1            75264       6364160         76288        477184         77312       3590144
Wr Pntr         73728       6362112         75776        476672         76800       3589632
Rd Pntr         73728       6362112         75776        476672         76800       3589632
Length           1375          1917            53           312             3             1

Number            605           606           619           634           665           670
Base          3590144       6365184        477184      26084864        180736        464384
End           3590145       6365823        484725      26499437        183197        468973
End1          3590656       6366208        484864      26499437        183296        468992
Wr Pntr       3590144       6365823        477184      26084864        180736        464384
Rd Pntr       3590144       6365184        477184      26084864        180736        468973
Length              1           639          7541        414573          2461          4589

Number            672           674           685           695           698           701
Base            41984        184320       2125824        484864        463360        355840
End             42347        184820       2534145        486504        463672        453817
End1            42496        184832       2534400        486912        463872        454144
Wr Pntr         41984        184320       2125824        484864        463360        355840
Rd Pntr         41984        184320       2534145        484864        463360        355840
Length            363           500        408321          1640           312         97977

Number            729           742           761           783           989           991
Base          7683584       2534400        462848       3396096         44544         65536
End           8907908       2534432        462849       3587212         64544         72098
End1          8908288       2534912        463360       3587584         65024         72192
Wr Pntr       7683584       2534400        462848       3396096         44544         65536
Rd Pntr       7683584       2534400        462848       3396096         44544         72098
Length        1224324            32             1        191116         20000          6562

Number            992           993           994           995           996           997
Base            65024         43008         40448         42496         41472        184832
End             65033         43208         40478         42516         41672        185842
End1            65536         43520         40960         43008         41984        185856
Wr Pntr         65024         43008         40448         42496         41472        184832
Rd Pntr         65033         43208         40478         42516         41672        185842
Length              9           200            30            20           200          1010

Number            998           999          2551          2556          9999
Base            40960         77312       6867456       4412416       5843456
End             41160        179816       7275777       4820737       6251777
End1            41472        180224       7276032       4820992       6252032
Wr Pntr         40960         77312       7275777       4820737       6251777
Rd Pntr         41160         79816       7275777       4820737       6251777
Length            200        102504        408321        408321        408321


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    52 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =     3854336 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base          1905262        455251       1894524       1902704       1486203       3445570
End           2107238        457170       1895163       1903984       1486842       3854336
End1          2107238        457170       1895163       1903984       1486842       3854336
Wr Pntr       1905262        455251       1894524       1902704       1486203       3445570
Rd Pntr       1905262        455251       1894524       1902704       1486203       3445570
Length         201976          1919           639          1280           639        408766

Number            501           502           503           508           511           520
Base           866130        867130       2108101         40448        876782        946755
End            867130        872193       2108570         40478        914459        946765
End1           867130        872193       2108570         40478        914459        946765
Wr Pntr        866130        867130       2108101         40448        876782        946755
Rd Pntr        866130        867130       2108101         40448        876782        946755
Length           1000          5063           469            30         37677            10

Number            521           522           524           526           528           530
Base          1078486       1903986       1486842       1078521       2208214       2412694
End           1078521       1905262       1894524       1486203       2412694       2617174
End1          1078521       1905262       1894524       1486203       2412694       2617174
Wr Pntr       1078486       1903986       1486842       1078521       2208214       2412694
Rd Pntr       1078486       1905262       1486842       1078521       2208214       2412694
Length             35          1276        407682        407682        204480        204480

Number            532           534           536           538           551           552
Base          2617174       2821654        457170        661650        946797        946765
End           2821654       3026134        661650        866130        946835        946797
End1          2821654       3026134        661650        866130        946835        946797
Wr Pntr       2617174       2821654        457170        661650        946797        946765
Rd Pntr       2617174       2821654        661650        866130        946797        946765
Length         204480        204480        204480        204480            38            32

Number            561           562           563           565           575           577
Base           940082        940083       3026134       3026773        946835        946703
End            940083        946703       3026773       3027011       1078486        946755
End1           940083        946703       3026773       3027011       1078486        946755
Wr Pntr        940082        940083       3026134       3026773        946835        946703
Rd Pntr        940082        940083       3026134       3026773        946835        946703
Length              1          6620           639           238        131651            52

Number            579           580           581           582           583           584
Base          2206859       2206911       3027011       3028386       3030303        916920
End           2206911       2208214       3028386       3030303       3030356        917232
End1          2206911       2208214       3028386       3030303       3030356        917232
Wr Pntr       2206859       2206911       3027011       3028386       3030303        916920
Rd Pntr       2206859       2206911       3027011       3028386       3030303        916920
Length             52          1303          1375          1917            53           312

Number            603           605           619           634           665           670
Base          1903985       1903984       1895163         40678        914459        872193
End           1903986       1903985       1902704        455251        916920        876782
End1          1903986       1903985       1902704        455251        916920        876782
Wr Pntr       1903985       1903984       1895163         40678        914459        872193
Rd Pntr       1903985       1903984       1895163        455251        914459        876782
Length              1             1          7541        414573          2461          4589

Number            672           674           695           698           701           780
Base          2107238       2107601        917232       2108570       2108882       3030356
End           2107601       2108101        918872       2108882       2206859       3445570
End1          2107601       2108101        918872       2108882       2206859       3445570
Wr Pntr       2107238       2107601        917232       2108570       2108882       3030356
Rd Pntr       2107238       2107601        917232       2108570       2108882       3445570
Length            363           500          1640           312         97977        415214

Number            989           993           997           998
Base           918872        938872        939072         40478
End            938872        939072        940082         40678
End1           938872        939072        940082         40678
Wr Pntr        918872        938872        939072         40478
Rd Pntr        918872        938872        939072         40678
Length          20000           200          1010           200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112544

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-8-1 06:26:54 | 只看该作者 Only view this author
用scf=qc毫无意义、白浪费时间

完全没看出你有意加大内存上限,128核给128GB内存完全莫名其妙,仔细看下文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

D.01换成B.01毫无意义。要尝试也是尝试把G09改成G16

没具体输入文件,别人没法测试。如果跑了一定步数后出现的这个问题,取最后一步结构继续优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

109

帖子

0

威望

491

eV
积分
600

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2024-8-1 11:05:45 | 只看该作者 Only view this author
把目录下的所有文件删掉,只保留gjf文件再试一次
need offer

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 19:49 , Processed in 0.676624 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list