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[GROMACS] 求助关于gromacs溶剂可及表面积计算的亲水和疏水区域区分界限

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各位老师好,卢老师讲义中为什么要用原子电荷±0.2作为蛋白质亲水和疏水区域区分界限,这样计算有理论或者文章作为依据吗,还是只是根据经验判断的。

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发表于 Post on 2024-8-1 06:16:53 | 只看该作者 Only view this author
经验判据
原子电荷如果绝对值比较大,必然此原子容易和水产生明显的静电相互作用,因而比较亲水
和下文基于表面静电势判断是类似的道理
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-1 13:45:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-1 06:16
经验判据
原子电荷如果绝对值比较大,必然此原子容易和水产生明显的静电相互作用,因而比较亲水
和下文基 ...

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-2-25 19:05:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-1 06:16
经验判据
原子电荷如果绝对值比较大,必然此原子容易和水产生明显的静电相互作用,因而比较亲水
和下文基 ...

社长您好,计算SASA,蛋白质亲/疏水部分分组,是根据原子电荷将原子一个个进行分组还是根据残基的电荷分组

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发表于 Post on 2025-2-26 12:42:53 | 只看该作者 Only view this author
Kiteliberator 发表于 2025-2-25 19:05
社长您好,计算SASA,蛋白质亲/疏水部分分组,是根据原子电荷将原子一个个进行分组还是根据残基的电荷分 ...

如我的幻灯片体现的,根据原子电荷划分。而且是对于原子进行区分而不是根据残基区分。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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