MMPBSA可以计算蛋白质和某一个离子之间的能量吗？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-8-27 10:58:07

如题所示，模拟体系里有3种不同的离子，MMPBSA可以计算蛋白质分别和这三种离子之间的结合能量吗？

Huschein · 发表于 Post on 2024-8-28 00:41:36

1.不管是什么东西都得在蛋白内或者和蛋白接触很紧密计算才有意义，你这表达的什么，你要算Na和Cl？体系也不给明白让人瞎猜？
2.就算你是Mn或者Mg这类蛋白内部的离子，他们一般没有LJ参数，一般静电主导，加上体积又小，你算MMPBSA，SASA变化的那一块是不是离子引起的都不知道，算了也没意义，你还不如跑个rerun来只结算它们两者之间的interaction

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-8-28 13:40:46

你好，我的体系是由一个蛋白质和钙、磷酸根离子组成的体系，模拟最后，钙磷会结合并且沉积在蛋白质的表面。我想计算一下蛋白质与钙磷之间的结合能，所以想问一下可以计算蛋白质和钙磷之间的MMPBSA吗？如果可以的话，能进一步计算随着时间增加，结合能的变化吗？

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[GROMACS] MMPBSA可以计算蛋白质和某一个离子之间的能量吗？

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