请教一个关于大分子吸附小分子的计算问题

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-2 15:47:50

请问一下各位老师，
我想研究一个大分子A（600个原子）吸附小分子V（250个原子）的行为（都包含C-H-O-N-S）；
1）我事前已经用xtb-gfn2方法优化出来10个大分子A的复合物结构（单个大分子优化会扭曲成一团，而复合物结构不会），我在意的也是复合物结构。我可否取复合物结构中的某一个A作为吸附的基底，而不进行额外的结构优化？
2）我认为我这个体系应当当作孤立体系用量子化学方法来计算，如果1可行的话，A冻结作为吸附的基底，将B分子丢入对体系做优化，冻结能否减少计算量，如果不行的话，似乎gaussian就算用6-31g*也够呛，还不准，如果使用orca的话需要用什么计算级别呢？看了http://sobereva.com/674这篇博文，我的分子柔性很大，有长的侧链，小分子也同样，我并不确定是否应该用刚性参数以及用在哪..
3）另外，我这个吸附过程只是物理吸附，并没有成键断键的过程，是不是没有过渡态只要做结构优化就够了？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-3 14:05:31

1 吸附过程中会影响结构，至少复合物中吸附位点的原子还得优化，除非大分子真的刚性特别强、吸附作用对结构的影响很弱
2 冻结无法节约计算量。适当简化结构、恰当用混合基组可以节约计算量
3 是

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-3 15:59:45

sobereva 发表于 2024-9-3 14:05
1 吸附过程中会影响结构，至少复合物中吸附位点的原子还得优化，除非大分子真的刚性特别强、吸附作用对结构 ...

感谢老师回复，
目前打算把小分子摆在距离大分子5A左右作为初猜结构进行优化，如果我想得到随着距离的接近弱相互作用能的不同组分的变化情况，是不是应当要做柔性扫描？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-4 11:16:20

吹梦到西洲发表于 2024-9-3 15:59
感谢老师回复，
目前打算把小分子摆在距离大分子5A左右作为初猜结构进行优化，如果我想得到随着距离的接 ...

我不知道你说的组分是什么。如果是相互作用能中的不同物理成分的变化，可以用sobEDA，看下文里提到的sobEDA教程，里面有扫描的例子，对应的是刚性扫描
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

如果你把自己做柔性扫描轨迹得到的各帧结构提出来依次做sobEDA分析，也是可以的。

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-4 13:00:22

sobereva 发表于 2024-9-4 11:16
我不知道你说的组分是什么。如果是相互作用能中的不同物理成分的变化，可以用sobEDA，看下文里提到的sobE ...

明白我指的是确实是弱相互作用的能量分解；
谢谢老师解答。

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-5 09:44:37

sobereva 发表于 2024-9-4 11:16
我不知道你说的组分是什么。如果是相互作用能中的不同物理成分的变化，可以用sobEDA，看下文里提到的sobE ...

老师，打扰了，我还想请问一个问题，
我想得到一条类似于吸附曲线的东西，横坐标可以是比如两个分子的距离（或者帧数），但是我确信我的两个分子堆叠上以后会有转角，或许在相隔某个距离的时候会有一个类似过渡态的能量极大点；
在得到两个分子吸附过程的轨迹以后，我希望在这个轨迹上不同距离（帧数）做能量分解分析；这时候我是需要用优化过程的轨迹(取每一帧使用sobEDAw做能量分解)，还是柔性扫描两分子间距离的轨迹呢，如果是柔性扫描的话，在某个距离以内两分子会有一定的转角能体现出嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 11:16:47

吹梦到西洲发表于 2024-9-5 09:44
老师，打扰了，我还想请问一个问题，
我想得到一条类似于吸附曲线的东西，横坐标可以是比如两个分子的距 ...

用柔性扫描最后得到的每个点的结构做sobEDA/sobEDAw
接触过程中的结构的自发变化用柔性扫描可以体现

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-5 15:44:05

sobereva 发表于 2024-9-5 11:16
用柔性扫描最后得到的每个点的结构做sobEDA/sobEDAw
接触过程中的结构的自发变化用柔性扫描可以体现

太感谢了！谢谢老师！

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-20 09:54:41

sobereva 发表于 2024-9-5 11:16
用柔性扫描最后得到的每个点的结构做sobEDA/sobEDAw
接触过程中的结构的自发变化用柔性扫描可以体现

老师您好，我在柔性扫描的时候遇到了问题。我用xtb-gfn2方法进行柔性扫描（原子数比较大有700个左右），但是只能扫描原子距离；于是我只好试着用原子距离来代替平面距离，果不其然出错了。从扫描的结构上看，其把垂直距离变成斜着的距离了。若是我想定义平面距离的扫描柔性扫描可以像您474博文中3.1和3.2结提到的定义平面吗？应该如何操作？我想看到随着平面距离的接近，两个分子的弱作用变化和相对转角的变化。

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-20 09:59:54

吹梦到西洲发表于 2024-9-20 09:54
老师您好，我在柔性扫描的时候遇到了问题。我用xtb-gfn2方法进行柔性扫描（原子数比较大有700个左右）， ...

或者能否扫描相对转角呢？不同角度对应的能量，不知应该如何定义，请老师有空了解答，谢谢！

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