有机小分子结构优化后N原子处原本的三角锥型变成不合理的平面，求解决方法

JiangZiya · 发表于 Post on 2024-9-14 20:09:55

本帖最后由 JiangZiya 于 2024-9-14 20:09 编辑

用gaussian做一个含H、C、N、S元素的小分子的结构优化，用的b3lyp/6-311g**加上D3校正，nosymm关键词，很快就收敛了，初始结构感觉挺正常，在检查结果的时候发现整个分子呈完全平面状态，N原子处原本的三角锥形也变成三角形的平行，与原本的化学常识不符。
本来以为是不是泛函和基组不太适合，之后又尝试了wB97XD/TZVP，然后用ORCA试了r2SCAN-3c和wB97X-D3/def2-TZVP，结果都一样，算出来都是平面，不明白问题出在哪，请各位大神指点一二。
gaussian初始文件和结构的截图如下：

dnlx · 发表于 Post on 2024-9-14 20:15:16

查尿素的平面结构

ChemG · 发表于 Post on 2024-9-14 20:23:40

这有啥奇怪的，苯环、乙烯、亚胺、硫脲这几个基团都是pi-pi共轭或者p-pi共轭，平面构型有利于共轭的形成，符合化学直觉

JiangZiya · 发表于 Post on 2024-9-14 20:42:14

dnlx 发表于 2024-9-14 20:15
查尿素的平面结构

查了下，尿素所有原子都在一个平面上，感觉还是自己基本功不够扎实，感谢提点

JiangZiya · 发表于 Post on 2024-9-14 20:43:26

ChemG 发表于 2024-9-14 20:23
这有啥奇怪的，苯环、乙烯、亚胺、硫脲这几个基团都是pi-pi共轭或者p-pi共轭，平面构型有利于共轭的形成， ...

所以计算结果其实是正常的，问题不在计算上，在我的化学知识储备上

感谢感谢

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[Gaussian/gview] 有机小分子结构优化后N原子处原本的三角锥型变成不合理的平面，求解决方法