怎么用AC模块建立这种聚合物？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-1-2 22:06:22

在MS里面，只能设置head atom和tail atom分别为一个点，但是类似于图片类的聚合物应该怎么建模，前后分别有两个连接点？

diaok · 发表于 Post on 2017-1-4 15:32:55

从中间画起怎么样？取那个4个键的碳

diaok · 发表于 Post on 2017-1-4 16:09:20

ms里面首尾还必须是终端的原子。。
好像没什么容易的方法了
从中间开始也要放2个虚原子后面再删掉这个键
直接首尾端先放个虚原子连接好结构，最后再专门成那两个键

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-1-8 17:22:36

diaok 发表于 2017-1-4 16:09
ms里面首尾还必须是终端的原子。。
好像没什么容易的方法了
从中间开始也要放2个虚原子后面再删掉这个 ...

具体怎么操作从您的回复中还是看不出来

diaok · 发表于 Post on 2017-1-8 18:07:03

zyj19831206 发表于 2017-1-8 17:22
具体怎么操作从您的回复中还是看不出来

可以先画出一个重复单元，两边的连接部分补充出一部分
在两边连接的正中心都画上一个别的元素，用来当成重复单元的端基
由于端基有要求，只能是末端原子，这个多余的只能和边上的一个碳成键
然后就可以做出长链了，最后删掉这些添加的原子

再用calc bond识别下键的连接，不一定可行
考虑到空间要求，也可以在边上多画一些原子便于固定结构的连接
提高识别的成功率

最坏的情况就得手动连这两根键了

diaok · 发表于 Post on 2017-1-9 19:43:37

diaok 发表于 2017-1-8 18:07
可以先画出一个重复单元，两边的连接部分补充出一部分
在两边连接的正中心都画上一个别的元素，用来当成 ...

发现还有另一种方法，可以直接画到晶胞里面
用超晶胞进行重复这就不需要加别的原子了

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