cp2k跑aimd，生成的pdb文件在使用mdtraj转化为deepmd可读入文件时，报错说pdb文件g...

wzdns · 发表于 Post on 2024-10-4 11:51:22

脚本和pdb文件图片还有报错见附图，之前还是能正常转化的，但是在我从新安装了新版本的anaconda和插件后报错，老版本的mdtraj也试过还是错，但是报班的那个老师那里说没错，也解决不了

wzdns · 发表于 Post on 2024-10-4 11:56:04

脚本是为了把pdb文件和energy文件整和到一起，各位老师是否有其他转化的方法呢？

Weldingspock · 发表于 Post on 2024-10-4 12:29:19

我记得cp2kdata一直都不能转pdb文件，你把pdb文件转成.xyz再加.cell文件再用cp2kdata弄就好了

喝杯热水 · 发表于 Post on 2024-10-6 10:45:40

本帖最后由喝杯热水于 2024-10-6 10:47 编辑

mdtraj也可以转换cp2k的文件到deepmd可读取吗？我去学一下看看。

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[CP2K] cp2k跑aimd，生成的pdb文件在使用mdtraj转化为deepmd可读入文件时，报错说pdb文件g...