关于gmx hbond命令中使用-ac遇到时间上只分析了一半的问题

YuniJ · 发表于 Post on 2024-10-7 15:02:02

使用gmx hbond -ac命令想要分析氢键的稳定性，系统轨迹是100ns，但是得到的xvg文件中只分析到了49999（50ns）,请问这是什么原因造成的呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-10-8 09:47:13

把-acflen设置一下就可以了

YuniJ · 发表于 Post on 2024-10-8 10:20:09

Lacrimosa 发表于 2024-10-8 09:47
把-acflen设置一下就可以了

好的，谢谢您

YuniJ · 发表于 Post on 2024-10-8 10:33:30

Lacrimosa 发表于 2024-10-8 09:47
把-acflen设置一下就可以了

请问氢键的平均寿命必须计算protein和water之间的吗？可以计算protein-ligand之间的吗？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-10-8 16:49:38

YuniJ 发表于 2024-10-8 10:33
请问氢键的平均寿命必须计算protein和water之间的吗？可以计算protein-ligand之间的吗？

不同类型的氢键寿命也不一样，具体算哪种要根据问题而定

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