pH变化的MD模拟结果和真实试验结果有偏差该如何解释

刘梦琪

我在真实试验的过程中用pH2处理蛋白质一段时间后，将pH值调回了6，并利用试验表征了一系列结构和活性的变化。试验得到的结果是在pH2时蛋白质的结构展开，pH6时结构又有所收缩但大于原始结构。
我想通过MD模拟来进一步解释一下这个环境的变化对蛋白质结构产生了怎样的影响。我的模拟方式是通过H++预测氨基酸残基的pKa，然后通过质子化交互的方式定义残基的质子化方式。但是我的结果和真实试验有偏差，模拟出来的RMSD变化范围不大。蓝色线是ph2时的RMSD，红色是把蓝色最终结构导出来，跑的ph为6的模拟。

审稿人希望从定义质子化方式这种处理办法的局限性上，来解释一下为什么会产生这种现象。并且说明一下这种方法能否反应真实试验的变化。

我没有什么头绪，不知道是不是我的模拟过程出现了问题，还是这种方法不适用？可以麻烦老师帮忙从专业的角度帮我看看如何回答审稿人的问题吗？

Seyilaxa

不太清楚你的蛋白有多大、模拟偏差具体是什么，但是100ns可能不足以表现出整个蛋白骨架明显的变化
蛋白质从一个亚稳定的结构到另一个稳定结构的变化过程中，有时会陷入一些局部亚稳定的势阱中，所以研究蛋白质骨架的变化通常需要一些增强采样的方法
另外侧链也不会一直保持一种质子化状态，也可以考虑一下恒定pH的模拟http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ight=%BA%E3%B6%A8pH
纵坐标的单位是正确的吗，一般来说RMSD 5-7 nm已经是肉眼可见的巨大结构变化了

刘梦琪

Seyilaxa 发表于 2024-10-11 16:52
不太清楚你的蛋白有多大、模拟偏差具体是什么，但是100ns可能不足以表现出整个蛋白骨架明显的变化
蛋白质 ...

我的蛋白有122个氨基酸残基。黑色线和蓝色线是两个不同pH的模拟结果，他们俩的变化很小。红色线是蓝色的50ns又经过处理的结果。红色的差别还挺明显的。就是不太清楚为什么蓝色和黑色差别这么小？

c00jsw00

也許考慮使用constant-pH molecular dynamics方法進行你的計算..