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[GROMACS] 求助CO2与油之间界面张力的计算过程

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楼主
请教下各位老师,目前我想算CO2与油之间的界面张力,用的是semiisotropic,只控制z方向尺寸变化,计算界面张力是要等到盒子在z轴方向尺寸大概不变的时候算or直接在盒子压缩的过程中算?
另外就是系综的使用,先用NPT系综,后转为NVT系综算界面张力;还是说在整个过程中都用NPT呢?

诚心请教各位老师

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发表于 Post on 2024-10-17 12:18:45 | 只看该作者 Only view this author
显然得等体系平稳了再算这种平衡态的物质属性

这和CO2处于什么状态有很大关系,说清楚液态、气态还是超临界状态情况。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-17 13:53:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-17 12:18
显然得等体系平稳了再算这种平衡态的物质属性

这和CO2处于什么状态有很大关系,说清楚液态、气态还是超 ...

谢谢Sob老师的解答,可是体系平稳如何界定呢?特别是这种容易形成混相的情况。在我所设定的条件下,CO2处于超临界态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-17 14:00:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-17 12:18
显然得等体系平稳了再算这种平衡态的物质属性

这和CO2处于什么状态有很大关系,说清楚液态、气态还是超 ...

另外还有一个疑问,计算界面张力只能用NPT单独改变z方向的尺寸,不能三向同时变化吗?在站里面搜到好多计算界面张力都是这么算的, 所以关于这点还想向Sob老师请教一下。

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发表于 Post on 2024-10-20 09:42:24 | 只看该作者 Only view this author
姜酱将 发表于 2024-10-17 13:53
谢谢Sob老师的解答,可是体系平稳如何界定呢?特别是这种容易形成混相的情况。在我所设定的条件下,CO2处 ...

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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发表于 Post on 2024-10-20 12:21:12 | 只看该作者 Only view this author
姜酱将 发表于 2024-10-17 14:00
另外还有一个疑问,计算界面张力只能用NPT单独改变z方向的尺寸,不能三向同时变化吗?在站里面搜到好多计 ...

平行于界面方向没必要也不应该控压
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