VMD能否对齐两个PDB的特定残基

1154975925 · 发表于 Post on 2024-10-17 23:01:59

如图所示是我对齐他们的A链某残基最后的效果，但是并没有对齐，网上有对齐一整个PDB的案例，但是似乎没有对齐某个特定残基的用法，下面是我使用的tcl代码，
set ref_a [atomselect $ref_1jff "protein and name CA and chain A and resid 224 to 242"]
set pro_a [atomselect $test_tubulin "protein and name CA and chain A and resid 224 to 242"]
$pro_a move [measure fit $pro_a $ref_a]

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-18 10:48:56

试试用extension - analysis - rmsd trajectory tool /rmsd calculator？

1154975925 · 发表于 Post on 2024-10-18 10:56:36

student0618 发表于 2024-10-18 10:48
试试用extension - analysis - rmsd trajectory tool /rmsd calculator？

可是我不需要计算RMSD啊

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-18 11:04:49

1154975925 发表于 2024-10-18 10:56
可是我不需要计算RMSD啊

不算rmsd也可用align来一键对齐

1154975925 · 发表于 Post on 2024-10-18 11:28:12

student0618 发表于 2024-10-18 11:04
不算rmsd也可用align来一键对齐

你说的这个东西只能对齐一整个PDB 没有针对局部的功能

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-18 11:40:49

本帖最后由 student0618 于 2024-10-18 11:44 编辑

1154975925 发表于 2024-10-18 11:28
你说的这个东西只能对齐一整个PDB 没有针对局部的功能

左上输入框protein改例如resid 224 to 242

1154975925 · 发表于 Post on 2024-10-18 15:47:37

student0618 发表于 2024-10-18 11:40
左上输入框protein改例如resid 224 to 242

效果不行

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