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[GROMACS] 不同版本GROMACS的模拟结果会差距很大,以至于不能用么

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我采用2023.05版本的GROMACS提取数据,使用了名叫gmx_mmpbsa.bash的脚本,但是我原先使用的是2016版本的gromacs,我将其计算结果使用g_mmpbsa提取数据,结果两次数据差距很大,相差60左右,后续我又用gmx_mmpbsa.bash提取了2016版本gromacs算出的轨迹文件,发现与之前两个结果差距也很大。三个结果都具有较明显的差距。请问大家知道是什么原因导致的?然后针对2023版gromacs我应该用什么方法提取数据(54A7立场)?gmx_mmpbsa.bash及能量结果如附件

202410181758112183..png (34.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202410181758112183..png

gmx_mmpbsa.bash

43.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

_pid~MMPBSA.dat

5.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2024-10-20 16:06:03 | 只看该作者 Only view this author
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/ 这才是gromacs用户如今正经做MMPBSA用的程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-4 19:59:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 16:06
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/ 这才是gromacs用户如今正经做MMPBSA用的程序

sob老师好,我了解了一下这个程序,发现里面有个套件是要求AmberTools 20或21,目前这个AmberTools好像只有24版的可供下载,可以用这个24的代替么

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发表于 Post on 2024-12-4 20:50:56 | 只看该作者 Only view this author
jilinstu 发表于 2024-12-4 19:59
sob老师好,我了解了一下这个程序,发现里面有个套件是要求AmberTools 20或21,目前这个AmberTools好像只 ...

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